С августа 1982 г. капитан, начальник технико-эксплуатационной части звена вертолетов Ми-8, Валерий Колпаков продолжил службу в Афганистане.
Осваиваться пришлось и с новыми задачами — боевыми, и с новыми условиями полетов — под обстрелами в гористой местности. Вертолеты в Афганистане использовались на полную катушку и в военных операциях, и для бытовых и гражданских нужд. Вертолетчики вывозили раненых, участвовали в разведке, спасали солдат из-под огня, прикрывали с воздуха, доставляли боеприпасы, топливо, пищу, воду, долгожданную почту, перевозили личный состав афганской и советской армии, гражданское население. Афганистан хоть и ничем не похож на нашу тайгу или тундру, но есть у этих территорий кое-что общее — много мест, куда только вертолетом можно долететь. Вертолетам — кавалерии современной войны — обязаны жизнью тысячи солдат в Афганистане.
Особая ответственность в таких условиях ложилась на техников, готовивших машины к полету. Валерий Колпаков и в силу опыта, и в силу характера как никто понимал значение каждой мелочи в условиях войны. Он раньше всех приходил на работу, а уходил с аэродрома последним. Знал, что от его работы зависит жизнь экипажа, боевых товарищей. В подразделении его уважали за такое ответственное отношение к обязанностям и за то, что он, имея богатый опыт, мог в любую погоду, в любое время суток прийти товарищам на помощь.
19 июля 1983 г. экипаж вертолета выполнял боевое задание по поиску и уничтожению караванов, перевозивших оружие и боеприпасы душманов. Во время взлета с промежуточной площадки вертолет был обстрелян и потерпел катастрофу. Валерий Прокопьевич получил ранение и тяжелые травмы, от которых умер в госпитале.