В это время остатки армии адмирала Колчака отступали вдоль Транссибирской магистрали. После взятия Тайги красногвардейцы вышли к границам Енисейской губернии. В декабре 1919 — январе 1920 г. развернулась Красноярская операция.
23 декабря по инициативе Енисейской земской управы «для сохранения гражданского правопорядка в губернии» был организован Временный губернский комитет общественных организаций. На следующий день генерал Бронислав Зиневич, командовавший 1-м Среднесибирским стрелковым корпусом, отдал приказ о передаче земству всей полноты власти. Он обратился к отступающим войскам с призывом прекратить междоусобную войну и подчиниться новому правительству, которое после установления мира изберет народ. В противном случае Зиневич угрожал выступить против отходящей армии всеми силами Красноярского гарнизона и уничтожить ее.
Ожидая прихода Красной армии, в Енисейской губернии активизировались и партизаны. Развернулись бои на Северо-Канском фронте. 25 декабря был атакован белый отряд, шедший из деревни Шеломки. Из Курайского гарнизона к красным перешли 9 солдат с оружием. Апанские партизаны атаковали село Устьяновское. На Шиткинском фронте к красным перебежали 9 румын. 28 декабря, когда Красная армия взяла Мариинск, партизаны начали наступление на Канск. Затем настала очередь станции Иланской, где партизаны разоружили добровольческую дружину. Партизаны Дмитриева-Ангарского разоружили немногочисленные отряды белых и добровольческие дружины в Уяре, Агинском, Успенке, Соболевке и Ульяновой. В селах, в которые не вошли партизаны, власть менялась мирным путем — волостные власти проводили сходы, где избирались представители земства.
В начале января красногвардейцы захватили Ачинск. Белая армия под командованием генерала Каппеля приняла решение направить свои силы на Красноярск, куда несколькими днями ранее вошли партизаны. 4—5 января основные силы белых (30—50 тыс. чел.), преследуемые регулярными частями Красной армии, подошли к Красноярску. Каппель приказал занять Красноярск, но слабые атаки белых завершились ничем. Ночью около 12 тыс. белых свободно прошли в обход Красноярска и переправились на восточный берег Енисея. Примерно такое же число сдалось добровольно Красноярскому гарнизону.
В ночь на 7 января 30-я стрелковая дивизия РККА вступила в Красноярск. Благодаря успешно проведенной операции войска РККА захватили значительные трофеи, заняли ряд крупных городов Западной и Восточной Сибири и нанесли окончательное поражение основным силам Колчака, открыв тем самым возможность наступления на Иркутск.
В марте 1920 г. в Енисейской губернии прошли выборы Советов, 30 марта был сформирован губисполком.