В Канске чехословаками под командованием подполковника Бориса Ушакова были захвачены 10 тыс. винтовок, 4 бомбомета и 38 тыс. патронов. Ушаков объявил о созыве городской думы и начале формирования белогвардейского отряда. Большевики также объявили набор добровольцев — формирование отрядов происходило на станции Клюквенной (под Уяром). Одним из отрядов руководил Яков Дубровинский, возглавлявший Красноярский городской совет в марте 1917 г.
После падения Канска и нескольких стычек чехи и большевики вступили в переговоры о перемирии, проходившие на станции Суслово. В роли нейтральных свидетелей и посредников выступали американцы: представитель миссии Русско-американского железнодорожного корпуса, вице-консул в Иркутске и военный атташе при посольстве США. 4 июня было подписано соглашение о перемирии на срок до часу ночи 10 июня. После этого боевые действия у Клюквенной возобновились, в результате станция перешла под контроль Чехословацкого корпуса. Затем чехословаки взяли Мариинск и Боготол, открыв путь на Красноярск.
В начале июня 1918 г. чехословаки вошли в Томск. 4 июня Антанта объявляет Чехословацкий корпус частью своих вооруженных сил и заявляет, что будет рассматривать его разоружение как недружественный акт в отношении Антанты. Германия же продолжала требовать от большевистского правительства разоружения чехословаков. В захваченной чехословаками Самаре 8 июня было организовано первое антибольшевистское правительство — Комитет членов учредительного собрания (Комуч), 23 июня — Временное Сибирское правительство в Омске. Это положило начало формированию других антибольшевистских правительств по всей территории России.
В июне 1918 г. советское руководство эвакуировалось из Красноярска, отправившись на пароходе по Енисею на север. 19 июня город перешел под власть антибольшевистских сил. В июле 1918 г. в Туруханском районе были убиты бежавшие из Красноярска Ада Лебедева и Тихон Марковский, десятки других большевиков в качестве пленных были возвращены в Красноярск. В октябре 1918 г. чрезвычайным военно-полевым судом при эшелоне № 49 чехословацких войск к расстрелу были приговорены Илья Белопольский, Григорий Вейнбаум, Яков Дубровинский, Валентин Яковлев и Александр Парадовский.
27 января 1919 г. командующий чехословацким войском в России издал приказ, объявлявший участок магистрали между Новониколаевском и Иркутском операционным участком чехословацкого войска. Сибирская железнодорожная магистраль таким образом оказалась под контролем чешских легионеров. Сами легионеры в дальнейшем участия в боях не принимали, сосредоточившись вдоль Транссибирской магистрали, боеспособность корпуса продолжала падать.
В 1919 г. фактическим заложником чехословаков стал «Верховный правитель России» адмирал Колчак, эвакуировавшийся из Омска. Корпус, заняв своими эшелонами железнодорожные пути, мешал отходу войск колчаковского Восточного фронта.
В начале 1920 г. под Иркутском было подписано соглашение о перемирии между командованием Красной армии и Чехословацкого корпуса, гарантирующее частям корпуса отход на Дальний Восток и эвакуацию. В ноябре 1920 г. в Чехословакию вернулся последний эшелон с легионерами из России.
В 2006 г. в Красноярске был открыт памятник чехословацким легионерам, которые пали в России во времена Гражданской войны. На красноярском кладбище было похоронено около 20 чешских и словацких легионеров. Реконструкцию памятника взяло на себя правительство Словакии.