Работы подготовительного этапа строительства Богучанской ГЭС были начаты в октябре 1974 г., когда на площадку строительства прибыл первый десант «Братскгэсстроя», завершавшего строительство Усть-Илимской ГЭС. В ходе подготовительного этапа велось строительство подъездной автодороги Седаново — Богучанская ГЭС, линий электропередачи, города гидростроителей Кодинска (с 1977 г.), промышленной базы. В 1980 г. начато строительство основных сооружений Богучанской ГЭС: 18 июня 1980 г. из котлована первой очереди был извлечен первый кубометр грунта, первый кубометр бетона в тело плотины уложили 17 апреля 1982 г., 100-тысячный кубометр бетона был уложен в 1984 г.
25 октября 1987 г. на строительстве Богучанской ГЭС перекрыли Ангару, сток реки был переведен на пять временных отверстий водосбросной плотины, а для пропуска судов и плотов с лесом был оборудован временный шлюз. В ходе строительства был изменен проект ГЭС — в частности, было решено увеличить ее мощность до 4 000 МВт. Работами по лесосводке и лесоочистке зоны затопления, а также по переносу населенных пунктов в 1980-е гг. занималось МВД СССР силами заключенных. При этом было сведено около 10 млн куб. м товарного леса. По причине недостаточного финансирования срок пуска Богучанской ГЭС неоднократно переносился Минэнерго СССР: в 1987 г.— на 1993 г.; в 1988 г. — на 1994 г.; в 1989 г. — на 1995 г.
После распада СССР темпы работ по строительству Богучанской ГЭС значительно снизились, а с 1994 г. стройка была фактически законсервирована — выделяемых средств хватало на поддержание в безопасном состоянии уже построенных сооружений, резко сократился коллектив строителей, достигавший в 1980-х гг. почти 6 тыс. человек. В то же время необходимость завершения строительства Богучанской ГЭС не подвергалась сомнению и была неоднократно подтверждена руководством страны. С целью минимизации затрат рассматривался вариант строительства Богучанской ГЭС в две очереди, с вводом первой из них на отметке водохранилища 185 м, однако данный проект получил отрицательное заключение Главгосэкспертизы и не был реализован. В 1993 г. на базе производственного строительно-эксплуатационного объединения «Богучангэсстрой» было образовано ОАО «Богучангэсстрой», которое в 2002 г. сменило наименование на ОАО «Богучанская ГЭС».
Возобновить строительство станции удалось в рамках частно-государственного партнерства. 12 апреля 2005 г. вступил в силу Указ президента РФ № 412 «О мерах по социально-экономическому развитию Красноярского края, Таймырского (Долгано-Ненецкого) автономного округа и Эвенкийского автономного округа», предусматривающий завершение строительства Богучанской ГЭС. 9 июля 2005 г. РАО «ЕЭС России» и компания «РУСАЛ» подписали меморандум о намерениях по достройке Богучанской ГЭС и строительству нового алюминиевого завода.
31 мая 2006 г. вступило в силу соглашение между ОАО «ГидроОГК» (ныне «РусГидро») и РУСАЛом о реализации проекта «БЭМО» (Богучанское энергометаллургическое объединение), включающего в себя достройку Богучанской ГЭС и строительство Богучанского алюминиевого завода проектной мощностью 600 тыс. т алюминия в год. Проект реализуется партнерами на паритетной основе (50 % на 50 %). В 2006 г. была утверждена государственная программа «Комплексное развитие Нижнего Приангарья», составной частью которого является строительство Богучанской ГЭС. Поскольку, согласно Водному кодексу, Богучанское водохранилище является федеральной собственностью, подготовка его зоны затопления (переселение населения, археологические работы, лесосводка и т. п.) финансируется преимущественно из федерального бюджета.
На момент разворота работ по достройке станции ее готовность составляла около 58 %, в частности, были смонтированы и забетонированы закладные части первых четырех гидроагрегатов. К 17 марта 2006 г. строительная площадка Богучанской ГЭС была полностью расконсервирована. В 2006 г. был заключен контракт с ОАО «Силовые машины» на поставку девяти гидроагрегатов для Богучанской ГЭС, значительно активизированы работы по сооружению каменно-набросной плотины.