Несмотря на некоторые подвижки в развитии здравоохранения, было очевидно, что губернские власти не справлялись с его организацией. Задачи руководства здравоохранением, подобные тем, что выполняли земства в центре страны, взяло на себя Общество врачей Енисейской губернии, созданное в 1886 г. Первым президентом общества был избран доктор П. И. Можаров. В первые годы в его состав вошло 9 городских врачей и 2 уездных, а в 1890 г. оно уже насчитывало в своих рядах 83 человека. Общество возглавило работу по улучшению врачебной помощи в губернии. В 1887 г. при нем была открыта фельдшерская школа, ставшая первым учебным заведением в Сибири для подготовки медицинских кадров среднего звена.
Усилиями членов общества врачей в Красноярске стали систематически проводиться медико-санитарные обследования школ и промышленных предприятий, издавался бюллетень, а с 1889 г. — протоколы, отражавшие положение здравоохранения, был организован лекторий для жителей города. С 1903 г. при обществе врачей стала издаваться первая в Сибири медицинская газета «Сибирские врачебные ведомости».
Отношение губернской администрации к обществу врачей было двойственным. Она готова была использовать его в своих интересах, но как только инициатива общественности переходила рамки, очерченные властью, показывала прямую враждебность. А это случалось достаточно часто, поскольку члены врачебного общества не ограничивались узкими рамками профессиональной деятельности, а стремились увязать задачи улучшения медицинской помощи с решением острых социальных вопросов. Так, большой общественный и научный отклик получил доклад В. М. Крутовского, сделанный им на заседании общества врачей по материалам медико-статистического обследования рабочих на золотых приисках Енисейской губернии. Он обоснованно доказал, что нормы выработки, назначавшиеся предпринимателями для рабочих, превосходили физиологические возможности человека. Власти сочли, что его доклад носил предвзятый в политическом отношении характер. В рапорте начальника губернского жандармского управления утверждалось, что автор «придал своему докладу характер, могущий возбудить рабочих против золотопромышленников».
Большое значение для развития здравоохранения в крае имело открытие по инициативе общества врачей в 1898 г. на озере Шира курорта. Постепенно пустынные берега целебного озера превратились в благоустроенный курорт, который могли посещать не только состоятельные жители, но и люди небогатые, для отдыха которых на общественные средства были построены незатейливые пристанища.