В Сибири эстонцы появляются в числе ссыльных поселенцев начиная с 1820-х гг. В Минусинском уезде Енисейской губернии создаются первые места компактного проживания эстонцев: лютеранские колонии Верхний Суэтук и Верхняя Буланка.
С середины XIX в. из-за массового обезземеливания крестьянства усиливается переселение эстонцев из Прибалтики во внутренние области России и в города. По-настоящему массовой миграция за Урал становится после завершения строительства Транссиба и проведения столыпинской аграрной реформы. Именно в этот период возникло большинство эстонских поселений в Приенисейском крае, в т. ч. с национальной топонимикой: Нарва, Ряпина, Эстония, Новая Печора, Хайдак. Последние два поселка были образованы эстонцами-сету.
Быстро увеличивается и численность эстонской диаспоры. В 1897 г. в Енисейской губернии проживало 1,4 тыс. эстонцев. Из них на долю женщин приходилось всего 37,5%, а горожане составляли менее 4%. К 1920 г. количество эстонцев в губернии превышало 9,3 тыс. человек, из них на долю сету приходилось около 5 тыс. человек.
К 1926 г. на территории Красноярского края насчитывалось 660 эстонских населенных пунктов, в абсолютной массе своей (97,4%) представленных хуторами. По этому показателю они уступали только латышам с латгальцами — 997 селений, в т. ч. 98,1% хуторов. В селе Верхняя Буланка к этому времени проживало 640 человек, в селе Верхний Суэтук — 980 человек плюс около 200 человек в прилегающих эстонских заимках. В Хайдакский сельсовет помимо самого села (430 чел.) входили одна деревня и 79 хуторов, в которых проживало почти 500 эстонцев-сету.
В первые десятилетия советской власти активизировалась общественно-политическая и культурная жизнь сибирских эстонцев. В Енисейской губернии к 1925 г. функционировало 11 эстонских школ с родным языком обучения. Педагоги для них готовились в Ленинградском институте и Новосибирском педтехникуме.
В эстонских селениях работало 11 библиотек, 7 изб-читален, несколько десятков различных кружков (спортивные, драматические, музыкальные, хорового пения). На места поступали сотни экземпляров литературы и газет на родном языке. Однако к концу 1930-х гг. обучение в школах было переведено на русский язык, прекратилось издание эстонской периодики. Все это постепенно стало негативно сказываться на владении родным языком среди молодежи.
В советский период рост численности диаспоры сибирских эстонцев затормозили такие процессы, как оптация колонистов и беженцев в первой половине 1920-х гг. после заключения Тартуского мирного договора между Россией и Эстонией, а также коллективизация, в ходе которой сотни эстонских хуторов Красноярского края были сведены в 57 деревень. В дальнейшем их число продолжало уменьшаться, особенно в 1960—70-е гг. в связи с практикой ликвидации неперспективных деревень.
После присоединения Эстонии к России в 1940 г. в Сибирь было депортировано около 30 тыс. эстонцев. К концу 1950-х гг. большинство из выживших вернулось на родину. С этого периода начинается неуклонное снижение численности эстонцев на берегах Енисея из-за уменьшения миграционного притока выходцев из Эстонии и снижения демографического прироста. Но главная причина крылась в прогрессировавшей ассимиляции.
К 2010 г. численность эстонцев в Красноярском крае составила 4104 человека. Характерно, что эстонцы оказались единственным в крае некоренным народом с преобладанием сельского населения. Сибирские эстонцы проживают в Манском, Каратузском, Партизанском и Рыбинском районах, в Красноярске и Зеленогорске.
Культура сибирских эстонцев несколько отличается от культуры эстонцев на исторической родине. Одним из традиционных центров эстонской культуры в Сибири является деревня Верхний Суэтук Каратузского района, большинство жителей которой говорят на эстонском литературном языке.
Здесь в 1990 г. был восстановлен лютеранский приход, действует церковь, построенная в 1888 г. и отреставрированная в 2003 г. Местный духовой оркестр отметил в 2000 г. свое столетие. В Верхнем Суэтуке работает единственная в Сибири эстонская сельская школа.
Сибирским центром земли сету является деревня Хайдак Партизанского района. Здесь вплоть до сегодняшнего времени сохранились самобытные элементы культуры, языка, фольклора и самосознания сибирских сету, значительно отличающихся от аналогичных групп сету Эстонии и Псковской области.
Местные сету считают себя православными. В 1915 г. здесь была построена Троицкая церковь, впоследствии разрушенная. Летом 2000 г. в селе Хайдак в честь 100-летия со дня его основания состоялось торжественное богослужение и укладка камня в основание будущего православного храма.