К началу войны на территории Красноярского края не осталось ни одного действующего храма. Ближайший храм был в Новосибирске, где по воле случая была оставлена действующая кладбищенская часовенка. В то же время, согласно переписи 1937 г., число верующих в стране оставалось значительным.
Большая часть оставшихся в живых красноярских священнослужителей пребывала в лагерях и ссылках. Исследованные документы свидетельствуют, что подавляющее большинство иереев, которые в годы войны вновь будут призваны к служению в возрожденных красноярских храмах, прошли дорогами ГУЛАГа. Небольшое число батюшек и диаконов, оставленных на воле, либо были преклонного возраста, либо осели на непритязательных мирских должностях — сторожами, столярами, счетоводами в самых глухих районах края.
Казалось, что православная жизнь на берегах великой реки прервана и навсегда остановилась. Однако было это далеко не так. Обрушившаяся на мир война изменила и этот мир, и самих людей. Начиная с 1942 г. медленно, но верно начались перемены. Своим возрождением Красноярская церковь обязана, прежде всего, замечательному хирургу и архиепископу Луке (Валентину Феликсовичу Войно-Ясенецкому), а также настоятелю Покровской церкви Николаю Васильевичу Попову. Этот человек помогал фронту не только словом, но и делом. За 1943 г. Попов помог собрать для обороны страны деньги на строительство танковой колонны им. Дмитрия Донского, за что возглавляемый им Церковный совет получил благодарность от И. В. Сталина. Именно стараниями Попова была возвращена верующим Покровская церковь.
В начале войны Войно-Ясенецкий послал телеграмму Председателю Президиума Верховного Совета М. И. Калинину: «Я, епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку [по такой-то статье] в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являясь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта или тыла — там, где будет мне доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука». Когда она пришла на городской телеграф, ее не передали, а направили в крайком, где она легла на стол первого секретаря Голубева. После обсуждения с руководством НКВД края решили послать телеграмму в Москву. Ответ пришел незамедлительно. Профессора приказано было перевести в Красноярск.
Сразу несколько ведомств заинтересовалось хорошим хирургом — больница водников и штаб военного округа. Красноярск должен был стать последним восточным пунктом эвакуации раненых. Для этого был организован огромный эвакопункт, состоящий из десятков госпиталей. С фронта уже шли в Сибирь первые санитарные эшелоны. Эвакопункт нуждался в помещениях, белье, продуктах, врачах, а главное — в квалифицированном научном руководстве. На тысячи километров вокруг не было более необходимого и квалифицированного специалиста, чем профессор Войно-Ясенецкий.
«В конце июля прилетел на самолете в Большую Mypту главный хирург Красноярского края и просил меня лететь вместе с ним в Красноярск, где я был назначен главным хирургом эвакогоспиталя 1515. Этот госпиталь был расположен на трех этажах большого здания, прежде занятого школой. В нем я проработал не менее двух лет, и воспоминания об этой работе остались у меня светлые и радостные. Раненые офицеры и солдаты очень любили меня. Когда я обходил палаты по утрам, меня радостно приветствовали раненые. Некоторые из них, безуспешно оперированные в других госпиталях по поводу ранения в больших суставах, излеченные мною, неизменно салютовали мне высоко поднятыми прямыми ногами», — писал архиепископ в автобиографии.
Отчеты госпиталя 1515 свидетельствуют: многие раненые из «безнадежных» выздоровели. Войно-Ясенецкий еще два года оставался на положении ссыльного. Дважды в неделю он был обязан отмечаться в милиции. Выезжать на научные конференции в другой город он мог с разрешения чекистов и должен был писать рапорты.
В первую красноярскую зиму 1941—1942 гг. начальство относилось к Валентину Феликсовичу настороженно — все-таки ссыльный поп. А в каморке, в которой его поселили, иконы на стене, на столе — портрет Ленина. Это необычное сочетание вполне объяснялось его взглядами, о которых вспоминала работавшая в те годы с Валентином Феликсовичем врач-хирург Валентина Николаевна Зиновьева: «Он часто говорил, что и у Ленина, и в религии есть что-то общее в морально-эстетическом вопросе».
С первых же дней работы в красноярских госпиталях он трудился самозабвенно. Много оперировал, все свои силы и знания отдавал обучению молодых хирургов и, как всегда, тяжело переживал каждую смерть. Питался плохо, часто не успевал даже получать продовольствие по своим карточкам. Госпитальные санитарки тайком пробирались в его комнату, чтобы оставить на столе тарелку каши.
Отношение властей к Войно-Ясенецкому весной 1942 г. улучшилось. Ему стали выдавать завтрак, обед и ужин с общей кухни, заботиться об улучшении условий его работы, а руководитель крайздрава лично хлопотала о приобретении шнурков для ботинок профессора.
Осенью 1942 г. Валентина Феликсовича вызвали в крайком партии, как утверждают некоторые источники, к первому секретарю крайкома. Священнику объявляют о скором изменении положения Церкви в стране. Тогда же происходит событие, о котором он с гордостью скажет в своей автобиографии: «Священный синод при Местоблюстителе Патриаршего престола митрополите Сергии приравнял мое лечение раненых к доблестному архиерейскому служению и возвел меня в сан архиепископа».
Определение № 40 Патриаршего Местоблюстителя, Главы Православной церкви в СССР Сергия, митрополита Московского и Коломенского, г. Ульяновск: «Слушали предложение Местоблюстителя, что ввиду пребывания Преосвященного бывшего Ташкентского архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого) в Красноярске было бы целесообразно поручить Преосвященному архиепископу вдовствующую Красноярскую епархию. Определили Преосвященному архиепископу Луке (Войно-Ясенецкому), не отрывая его от работы в военных госпиталях по его специальности, поручить управление Красноярской епархией с титулом архиепископа Красноярского. О чем и послать Преосвященному архиепископу Луке к исполнению указ».
5 марта 1943 г. Лука в письме сыну сообщает: «Господь послал мне несказанную радость. После шестнадцати лет мучительной тоски по церкви и молчания отверз Господь снова уста мои. Открылась маленькая церковь в Николаевке, предместье Красноярска, а я назначен архиепископом Красноярским… Конечно, я буду продолжать работу в госпитале, к этому нет никаких препятствий».
Срок сибирской ссылки архиепископа Луки официально закончился в июле 1942 г., но фактически продолжался до конца 1943 г. В 1944 г. владыка получил новое церковное назначение и переехал в Тамбов.