Герб города Енисейска символизирует реку Енисей и пушные богатства Сибири.
За основу официальной символики Енисейска взята печать Енисейского острога XVII века: «Два соболя, меж ими стрела, а под ними лук тетивою вниз…» Енисейск находился в местах плодородных, богатых зверем, рыбой, железом, в самом центре важных водных путей. Благодаря своему географическому положению город стал быстро развиваться как административный и экономический центр Восточной Сибири. Сюда съезжались купцы со всей России за сибирским богатством — пушниной.
Современный герб Енисейска представляет собой щит с зелеными и голубыми полосами. В зеленом поле поверх лазоревой оконечности два золотых соболя с червлеными глазами, обращенных друг к другу, стоящие на задних лапах на золотой тетиве опрокинутого золотого лука, держащие двумя передними лапами серебряную стрелу, острием упирающуюся в тетиву. Соболя — символ пушного промысла, стрела острием вниз символизирует мир.
Голубая оконечность показывает реку Енисей, на берегах которой расположен город. Голубой цвет в геральдике — символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба. Зеленый цвет поля символизирует богатую сибирскую природу, окружающую город. Зеленый цвет является также символом здоровья.
Флаг города Енисейска представляет собой прямоугольное двухстороннее зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 и голубой полосой внизу в 1/4 высоты, с изображением фигур городского герба.
Герб города Енисейска утвержден решением муниципалитета 10 июня 1998 г. Герб и флаг города внесены в Государственный геральдический регистр Российской Федерации, записи № 466 и № 482.