Природные богатства, исторические и географические особенности Енисейского района отображены на его гербе.
На гербе и флаге Енисейского района в зеленом поле изображен лазоревый столб, узко окаймленный серебром, обремененный опрокинутой стрелой того же металла и поддерживаемый по сторонам золотыми восстающими соболями.
Лазоревый столб — река Енисей, которая является основной транспортной артерией района. Во время весенне-летней распутицы сплав по реке — самый дешевый и простой способ добраться до многих населенных пунктов района. Поэтому в районе развиты все виды деятельности, связанные с рекой. Расположение столба в середине герба — аллегория на расположение земель района по обеим сторонам Енисея.
Енисейский район богат таежными ресурсами, что способствует развитию охоты и сбору дикоросов. Соболи и стрела заимствованы из печати Енисейского острога на грамоте 1671 г. В «Царском титулярнике», изданном в 1672 г., впервые приводится герб Сибири (царя Сибирского), на котором изображены лук со стрелами и два соболя. Соболи и стрела на гербе Енисейского района — символ связи с прошлым. Стрела в гербе Енисейского района, направленная вниз, — символ мира.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, плодородие. Кроме того, зелень символизирует природный парк «Сымский», расположенный на территории Енисейского района. В этом месте сохранились обширные боры — беломошники, среда обитания редких и хозяйственно ценных видов животных.
Лазурь — символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Серебро — символ совершенства, благородства, чистоты, веры, мира. Золото — символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства.
Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос — зеленой, голубой с узкими белыми краями и зеленой, в соотношении 2:1:2. В середине голубой полосы изображена композиция герба района.
Герб и флаг Енисейского района утверждены решением районного Совета депутатов 15 сентября 2009 г. Официальные символы внесены в Государственный геральдический регистр Российской Федерации, записи № 5715 и № 5716.