Рыба на гербе Балахтинского района символизирует название «Балыкта», в переводе с татарского «рыбное место».
Геральдическое описание герба Балахтинского района гласит: «В скошенном лазоревом и зеленом поле серебряная волнистая перевязь справа, сопровождаемая в лазури золотой коронованной рыбой с изогнутым хвостом, положенной в перевязь; в зелени — серебряным фонтаном о тринадцати струях».
Разделение поля указывает на разделение района Красноярским водохранилищем: правобережье — отроги Восточного Саяна с хвойными лесами, левобережье — Хакасско-Минусинская котловина.
Серебряный фонтан — символ месторождения минеральных вод, расположенного в 30 км от поселка Балахта — известный санаторий «Красноярское Загорье», открытый на базе Кожановского месторождения минеральных вод. Знаковым явлением для района является и протекающая река Чулым. Район пересекает магистраль федерального значения Красноярск — Абакан — Кызыл. В район входят 13 муниципальных образований — 12 сельсоветов и 1 поселок.
Золотая рыба — символ названия «Балыкта» (от татарского «рыбное место») — так называли местность чулымские татары. Синий цвет (лазурь) символизирует богатство водными ресурсами. Зеленый цвет — символ лесных богатств и природного изобилия.
Флаг Балахтинского района представляет собой прямоугольное полотнище, воспроизводящее композицию герба Балахтинского района в зеленом, синем, белом и желтом цветах.
Герб и флаг Балахтинского района утверждены решением районного Совета депутатов 30 января 2008 г. Официальные символы внесены в Государственный геральдический регистр Российской Федерации, записи № 3757 и № 3758.