До 2001 г. в Красноярске действовали три специализированных дома ребенка. В 2001 г. специализированный дом ребенка № 2 был присоединен к специализированному дому ребенка № 3. В 2001 г. специализированный дом ребенка № 1 психиатрического (психоневрологического) профиля, специализированный дом ребенка № 3 и Красноярская городская детская больница № 3 были реорганизованы в муниципальное учреждение здравоохранения «Специализированный дом ребенка» города Красноярска. В 2005 г. специализированный дом ребенка Красноярска был переведен в региональное подчинение и переименован в Красноярский краевой специализированный дом ребенка № 3.
В специализированном доме ребенка № 3 работают медицинская, психолого-педагогическая и социально-юридическая службы. В учреждении используются современные технологии коррекционной психолого-педагогической работы: сенсорная комната, музыкотерапия, сказкотерапия, изотерапия, элементы коррекционного метода Монтессори. Применение различных методов коррекционного воспитания позволяет получить максимально эффективную модель работы с детьми раннего возраста.
Важным показателем эффективности работы дома ребенка является устройство детей в семьи: так, за 10 последних лет из учреждения выбыло 1 510 детей, из них 1 163 (77 %) были усыновлены или переданы под опеку.
В коллективе трудятся 450 человек, из них 15 врачей, 138 медицинских сестер и 92 педагогических работника (психологи, логопеды, музыкальные руководители и воспитатели). Высшую и первую квалификационную категории имеют 73 % врачей, 79 % медицинских сестер и 33 % педагогических работников. В коллективе учреждения работают два отличника здравоохранения. В 2002–2006 гг. главным врачом Красноярского краевого специализированного дома ребенка № 3 была Т. М. Когай — отличник здравоохранения, ветеран труда. С декабря 2006 г. по настоящее время главным врачом учреждения является О. Е. Кудина.
В 2012 г. учреждение было внесено в национальный реестр социально ответственных предприятий «Ведущие учреждения здравоохранения России».
Красноярский краевой специализированный дом ребенка № 3 располагается по адресу: 660059, Красноярский край, город Красноярск, ул. Академика Вавилова, 53а.