Первый пусковой комплекс станции Красноярск-Восточный был введен в эксплуатацию в декабре 1992 г. К этому моменту были построены транзитные парки и вся инфраструктура для пропуска транзитных поездопотоков в обход станции Красноярск-Главный: от станции Бугач через мост «Три семерки». Данный пусковой комплекс позволил разгрузить станцию Красноярск-Главный от пропуска транзитных грузовых поездов и начать работы по переустройству ее в пассажирскую техническую станцию.
Структурные преобразования и реформы, проводимые на сети железных дорог, заставили искать новые технологические пути управления перевозочным процессом. Одним из главных направлений в данной области является рациональная организация работы железнодорожных узлов, где каждая станция имеет свою специализацию.
К 2000 г. на станции Красноярск-Восточный были выполнены основные работы по запуску сортировочной горки, двух пучков сортировочного парка, компрессорной станции, мастерских горки и ряда инфраструктурных объектов вагонного, локомотивного, путевого хозяйств. В августе 2001 г. основная часть сортировочной работы Красноярского железнодорожного узла сосредоточена на специализированной сортировочной станции Красноярск-Восточный.
В 2002 г. завершено формирование Красноярского железнодорожного узла, когда все станции, расположенные в черте города Красноярска, получили свою жесткую специализацию. На станции Красноярск-Главный теперь осуществляется только пассажирское сообщение, грузовые станции Красноярск-Северный, Злобино, Базаиха обеспечивают потребности в перевозках предприятий Красноярска и Красноярского края.
Современный парк и технологии работы станции Красноярск-Восточный позволили Красноярской магистрали формировать грузовые составы повышенного веса и длины, за счет чего высвободились локомотивы для перевозочного процесса. Оптимизация развоза местных грузов внутри Красноярского железнодорожного узла, сокращение повторной переработки на сортировочной горке также оказали благоприятное влияние на работу железной дороги. Ежегодный экономический эффект составил 30 млн. руб.