Идея строительства железной дороги через Саяны появилась еще в XIX в., но эксперты того времени признали проект невозможным по причине чрезвычайной сложности характера местности. Проектирование магистрали началось в 1930-х гг. Трасса должна была обеспечить доставку транзитных грузов из районов Средней Азии, Казахстана, Кузбасса в Восточную Сибирь и на Дальний Восток страны. Большое значение имела и оборонная составляющая этой железной дороги, по ней можно было срочно доставить военные грузы на Дальний Восток
К началу Великой Отечественной войны геологи обнаружили в местных горах два месторождения железной руды, которая могла обеспечить работу металлургических комбинатов Кузбасса, поставлявших свою продукцию на фронт. Исследовать Саяны 5 октября 1942 г. отправилась экспедиция изыскателей, во главе которой был опытный инженер Александр Кошурников, ему помогали техник Константин Стофато и инженер Алексей Журавлев. Огромную сложность экспедиции составляла ее слабая оснащенность вкупе с ранней зимой. Отряд прошел около 180 км по тайге, горам Саянского хребта, перебираясь через замерзающие реки и ручьи. Первопроходцам оставались 30 км до населенного пункта, когда случилась трагедия и экспедиция погибла. Именами первопроходцев названы улицы поселков и станции трассы Абакан — Тайшет. В 1966 г. указом президиума ВС СССР А. М. Кошурников был посмертно награжден орденом Ленина, А. Д. Журавлев и К. А. Стофато — орденами Трудового Красного Знамени.
Изыскания будущей железной дороги Абакан — Тайшет через несколько лет продолжил друг и ученик погибшего А. М. Кошурникова, инженер новосибирского «Сибгипротранса» Евгений Алексеев. В 1958 г. его работа была завершена, механизированная колонна № 48 приступила к отсыпке земляного полотна на участке Согра — Подсинее, что стало началом строительства трассы. В этом же году было развернуто строительство станции Минусинск, первых зданий на станции Курагино.
За 1959 г. появились новые поселки на станции Жерлык, разъездах Кизир, Ирба. Прибыл мостопоезд для возведения моста через Тубу. Всего было уложено 55 км пути. 29 ноября на трассе прогремел самый мощный взрыв: зарядом в 1009 тонн был взорван участок холмистой гряды на перегоне Аргаза — Илей, в результате здесь образовалась самая глубокая выемка на всей трассе.
В августе 1960 г. Мостоотряд № 5 закончил сооружение моста через реку Абакан. В канун 43-й годовщины Октябрьской революции до станции Минусинск прошел первый тепловоз. В январе 1961 г. завершилось строительство самого большого моста на «Трассе мужества» — перехода через реку Тубу. В марте произошла авария в Кордонском тоннеле: при обрушении транспортной эстакады погиб начальник участка Владимир Щеткин. В июне произошла сбойка тоннеля, встретились проходчики, идущие с восточного и западного порталов. К осени началась укладка путей в Кордонском и Кизирском тоннелях, а в декабре пошли рабочие поезда до разъезда Журавлево.