Материалы, собранные многими поколениями сотрудников института, занимают более чем 600 рукописных томов.
Енисейская ихтиологическая лаборатория (1908—1925), Сибирская ихтиологическая лаборатория (1925—1927), Сибирская рыбохозяйственная станция (1927—1931), ВСО ЦНИРХ, ВНИОРХ (1931—1936), Сибирское отделение ВНИОРХ (1936—1938), Восточно-Сибирское отделение ВНИОРХ (1938—1948), Сибирское отделение ГосНИОРХ (1948—1958), Красноярское отделение СибНИИРХ (1958—1968), Красноярское отделение СибрыбНИИпроекта (1968—1978), Красноярское отделение ВостСибрыбНИИпроекта (1978—1995), НИИ экологии рыбохозяйственных водоемов и наземных биосистем (с 1995).
Научно-исследовательский институт экологии рыбохозяйственных водоемов и наземных биосистем в Красноярске является ведущей организацией отрасли в вопросах рыбоводства и рыболовства Центральной Сибири, курирующей исследования в водоемах Красноярского края, республик Хакасии и Тывы, Таймырского и Эвенкийского автономных округов. НИИ имеет статус государственного учреждения.
В начале XX в. управление государственных имуществ Енисейской губернии пришло к выводу, что для организации рационального рыбного промысла необходимы регулярные научные наблюдения за состоянием рыбных запасов в бассейне реки Енисей. С этой целью в 1908 г. была учреждена Енисейская ихтиологическая лаборатория. Результаты наблюдений, проводимых сотрудниками лаборатории с 1908 по 1916 гг., были опубликованы в десяти выпусках первого тома трудов лаборатории под названием «Материалы по исследованию реки Енисей в рыбопромысловом отношении». Были получены материалы по составу ихтиофауны, питанию рыб, подготовлена сводка по орудиям и способам лова рыбы в низовьях Енисея.
В 1919 г. Енисейская ихтиологическая лаборатория была закрыта в связи с событиями Гражданской войны, однако в 1920 г. деятельность лаборатории была возобновлена. Продолжились рыбохозяйственные изыскания на реке Енисей и в Енисейском заливе. Кроме того, были обследованы озера Минусинского и Ачинского округов и два крупных притока Енисея — Мана и Ангара.
В 1925 г. лаборатория была переименована в Сибирскую ихтиологическую лабораторию, а в 1927 г. — в Сибирскую рыбохозяйственную станцию Наркомзема. В 1925—1930 гг., кроме водоемов бассейна Енисея, были обследованы водоемы бассейна Оби, река Пясина и озеро Байкал. Изучение среднего и нижнего течения Оби в рыбопромысловом отношении началось организацией экспедиции с переходом из Енисея в Обь по построенному еще в 1883—1895 гг. каналу, соединяющему их притоки — реки Б. Кас и Кеть.
В результате довоенных исследований были получены основные продукционные характеристики, определены возможности рыбохозяйственного использования водоемов, собран материал для составления рыбопромысловых карт рек Енисея и Оби, озера Байкал и других озер Забайкалья.
В 1970-е гг. Красноярское отделение СибрыбНИИпроекта (название института в то время) вошло в число наиболее сильных учреждений рыбной отрасли. Активизировались работа по товарному рыбоводству, издательская деятельность, аспирантура.
С 1995 г. институт называется «НИИ экологии рыбохозяйственных водоемов и наземных биосистем». В первое время он действовал при Красноярском госуниверситете, а в 2005 г. был передан в ведение Федерального агентства по рыболовству Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
В 2004 г. в Красноярске состоялось отраслевое научно-методическое совещание-семинар по проблемам изучения сырьевых ресурсов речных бассейнов России, на которое собрались ученые со всей России.
В 2005 г. институт получил диплом лауреата второй степени Национальной экологической премии «Экомир» РАЕН в номинации «Сохранение биоразнообразия и оздоровление ландшафтов».