В 1945—1946 гг. Кокарев находился на партийной работе — был заместителем секретаря Красноярского городского комитета ВКП(б), однако уже в 1946 г. вернулся на завод и возглавил его. Александр Акимович руководил комбайновым заводом до 1950 г., после чего снова перешел на партийную работу. Сначала его избрали первым секретарем Красноярского горкома КПСС, в 1954 г. он стал вторым, а в 1958 г. возглавил Красноярский крайком КПСС.
На посту руководителя края Кокарев находился 11 лет, до 1969 года. Это были годы строительства новых и реконструкции старых заводов, большое внимание уделялось индустриализации производства. При Кокареве край вышел на первое место по индустриализации строительства. За годы VIII пятилетки было введено в действие более 150 крупных предприятий и производств: вступили в строй Ачинский глиноземный и Красноярский алюминиевый заводы, начала давать электроэнергию Красноярская ГЭС.
В 1965 г. краевой партийной организацией была разработана и принята пятилетняя программа интенсификации сельского хозяйства края. За годы восьмой пятилетки в развитие сельского хозяйства края вложено 724 млн рублей. Большое значение руководство края уделяло обеспечению городских жителей сельской продукцией. В это время были построены птицефабрики Березовская, Назаровская, Шушенская. Большое развитие получила малая авиация. В районных центрах появились аэродромы, благодаря чему открылось воздушное сообщение между краевым центром и районами. Кроме того, было налажено воздушное сообщение райцентров с некоторыми селами. В населенных пунктах, стоящих на берегу водохранилища, были построены пристани и налажено пассажирское сообщение.
Активно застраивалась краевая столица. В 1964 г. строителями были сданы почти 10 тыс. квартир. С 1962 по 1967 г. в городе было построено школ на 27 тыс. мест, на 20 тыс. — детских садов и яслей, лечебных заведений — на 1 475 мест. Только с предмостной площади левого берега было переселено из ветхого жилья 5 тысяч семей.
В 1971 г. депутаты за большой вклад в развитие города единогласно присвоили Александру Акимовичу Кокареву звание «Почетный гражданин Красноярска».
В 1969 г. Александр Кокарев перешел на работу в Москву, возглавив Главное управление государственных материальных резервов при Совете Министров СССР. Его место в крайкоме занял В. И. Долгих. С 1978 г. возглавлял Государственный комитет СССР по материальным резервам, а в 1980 г. вышел на пенсию.
С 1961 по 1981 г. Кокарев был депутатом Верховного Совета СССР 5—10-го созывов. Он награжден четырьмя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, орденом Отечественной войны 1-й степени, орденом Красной Звезды.