В настоящее время коллекции основного и научно-вспомогательного фондов музея насчитывают около 9000 единиц хранения. Основной фонд музея разделен на 10 коллекций: «Археология», «Вещественные источники», «Графика», «Документы», «Живопись», «Нумизматика, фалеристика», «Скульптура», «Сувениры и подарки», «Палеонтология», «Фотографии».
Коллекция «Археология» включает в себя музейные предметы периода эпохи палеолита. В фондах музея хранятся каменные и костяные орудия, отщепы, ножевидные пластины, скребла, кельты, бронзовые ножи и топоры, фрагменты керамики.
Коллекция «Вещественные источники» включает в себя 153 предмета разнообразной тематики. В нее входят предметы этнографии, предметы быта 1950–1960-х гг., предметы, относящиеся к разделу «История техники» — вымпелы, знамена, спортивные кубки. В музее хранятся строительные каски, макеты опалубочных щитов и цементационной установки, тетраэдров периода строительства Красноярской ГЭС.
Коллекция «Графика» включает в себя произведения изобразительного искусства дивногорских художников Е. А. Шепелвича, В. В. Елина и других. Коллекция насчитывает 36 работ.
Коллекция «Документы» включает в себя разнообразные деловые бумаги (приказы, распоряжения, личные дела и т. д.), удостоверения, грамоты, благодарности и письма. Это самая многочисленная коллекция в фондах музея, она насчитывает 2500 единиц хранения. Посетители музея могут увидеть личное дело А. Е. Бочкина, комсомольскую путевку на строительство Красноярской ГЭС, мандат участника перекрытия р. Енисей, рукописи В. П. Астафьева, Б. Ф. Никонова, грамоту о вручении ордена Трудового Красного Знамени дивногорскому комсомолу.
Коллекция «Живопись» насчитывает 67 единиц хранения. Особой гордостью коллекции являются акварельные работы Тойво Ряннеля. В фондах музея хранятся картины Я. С. Еселевича, Н. М. Хомайко, И. П. Пономарева, В. А. Федорова, Г. М. Кузакова.
Коллекция «Нумизматика, фалеристика» делает акцент на историческом периоде строительства Красноярской ГЭС. Коллекция значков насчитывает 80 единиц хранения. В коллекцию включены наградные значки периода строительства Красноярской ГЭС («Победителю социалистического соревнования», «За трудовое отличие», «Отличник энергетики и электрификации СССР», «Участник строительства Красноярской ГЭС»), а также значки, посвященные значимым событиям в истории г. Дивногорска («VI зимняя Спартакиада народов СССР. 1986 год», «Дивногорск», «Дивногорску 25 лет»). Коллекция постоянно пополняется, в основном за счет частных лиц, жителей города, гостей Дивногорска.
В коллекцию «Скульптура» входит 12 единиц хранения. Практически все предметы этой коллекции были собраны основателем музея К. В. Зыряновым в начале 1980-х гг. В постоянной экспозиции музея находится одна скульптура — бюст А. Е. Бочкина, все остальные предметы — в фондохранилище и экспонируются лишь при проведении временных и передвижных выставок.
В коллекцию «Сувениры, подарки» входит 21 музейный предмет, в том числе предметы, подаренные Дивногорску известными людьми — космонавтами, писателями, поэтами, артистами, политиками, посещавшими город в разные годы.
Коллекция «Палеонтология» включает в себя 168 предметов. В коллекции представлены такие экспонаты, как череп пещерного медведя, фрагмент бивня, зуб и кость мамонта, кость бизона со следами каменного ножа и многие другие.
В коллекцию «Фотографии» входит около 2000 уникальных снимков по истории строительства Красноярской ГЭС, по истории Знаменского скита, истории города, спорта, образования, здравоохранения.