Каптыревский школьный музей был открыт 18 апреля 1978 г. Открытию предшествовала поисковая работа, которая была начата в 60-х гг. XX в. краеведческим кружком «Поиск». Затем работа музея была временно приостановлена, восстановлен музей был в 2001 г.
В 2002 г. музею присвоено звание школьного музея, в 2009 г. это звание музея образовательного учреждения (школьного музея) было подтверждено. В 2010 и 2012 гг. музей стал призером районного смотра-конкурса «Лучший школьный музей Шушенского района». В 2012 г. награжден дипломом участника IV регионального открытого конкурса «Музей года. Южная Сибирь». В апреле 2012 г. музей занял второе место районного этапа смотра-конкурса школьных музеев, посвященного Победе в Великой Отечественной войне.
В музее созданы и работают постоянные экспозиции «Не помнить нельзя, забыть невозможно…», «Пусть поколения знают…», «Далекому мужеству верность храня», «История образовательного учреждения», «История села Каптырево», «Предметы труда и быта крестьян», «Интерьер крестьянской избы». Также организованы сменные экспозиции «Моя родословная», «Летопись села», «Проект музея», «Люди земли Каптыревской».
Работники музея, педагоги и ученики школы работают над созданием рукописной книги «Летопись села» и пополнением фондов школьного музея, собирают сведения для летописи школы и села, школы девушек-снайперов, находившейся на территории села в годы войны, о ветеранах войны. Ведут работу с архивными документами, периодической печатью, ведут поиск материалов и документов о первых учителях, директорах школы, родственниках и детях детского дома, который работал в селе в 1944–1949 гг. Также школьники работают над созданием родословных енисейских казаков.