В 1981 г. Ишмурат Гайнутдинов был избран вторым секретарем Северо-Енисейского райкома КПСС, а вскоре возглавил район (с 1984 г. был председателем исполкома районного Совета, с 1987 по 1990 г. — первым секретарем райкома КПСС). Также Гайнутдинов был депутатом краевого Совета народных депутатов.
В 1990—1995 гг. Ишмурат Гайнутдинов работал начальником ремонтных мастерских старательской артели «Полюс» производственного объединения «Енисейзолото», затем генеральным директором АО «Золото Олимпиады», заместителем директора по золотодобыче АО «Славянский дом».
В 1995 г. Гайнутдинов стал заместителем председателя комитета по делам Арктики и Севера администрации Красноярского края. В декабре 1996 г. по предложению губернатора Ишмурат Минзаляевич возглавил Северо-Енисейский район. Его опыт работы и практические знания позволили Гайнутдинову за два года вывести район из социально-экономического кризиса. После этого он трижды побеждал на выборах главы района в первом туре и до настоящего времени возглавляет район. Ему удалось стабилизировать экономику, создать основу для реализации крупномасштабных проектов, улучшить ситуацию в социальной сфере.
По инициативе И. М. Гайнутдинова в Северо-Енисейском районе создана уникальная система управления — «единое муниципальное образование», которая была поддержана населением на референдуме в 2001 г. и подтверждена законодательно в 2005-м. Эта система управления позволила успешно решать задачи общерайонного масштаба, эффективно использовать бюджетные средства, а также достичь иных успехов в развитии района. По уровню социального обеспечения Северо-Енисейский район является одним из лидеров в Красноярском крае. В районе ежегодно вводятся в действие новые объекты социальной сферы и жилищного фонда, успешно реализуются районные целевые программы, в том числе социальной направленности.
И. М. Гайнутдинов награжден правительственными наградами: медалью «XX лет Победы в Великой Отечественной войне», медалью «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», орденом Почета (1999). Он неоднократно награждался почетными грамотами губернатора Красноярского края и Законодательного Собрания, краевых комитетов и управлений. За заслуги в восстановлении золотодобывающих предприятий и развитии района решением Северо-Енисейского районного Совета депутатов в 2002 г. Ишмурату Гайнутдинову было присвоено звание «Почетный гражданин Северо-Енисейского района».
В 2003 г. Гайнутдинов был избран действительным членом-академиком Петровской академии наук и искусств по центру научно-прикладных исследований Севера России, Арктики и Антарктиды.
