Анатолий Шубин — кандидат технических наук, он защитил диссертацию в 1975 г. С 1997 г. он был членом-корреспондентом Российской инженерной академии. Шубин — автор более 120 научных и научно-технических работ, 8 изобретений, 20 научно-технических публикаций, лауреат Государственной премии, заслуженный технолог Российской Федерации. В 1998 году ему было присвоено звание почетного профессора Красноярского государственного технического университета.
Государственной премии СССР Шубин был удостоен за открытие «Получение стабильных изотопов в газоцентрифугах». Он награжден орденами Почета, Дружбы, ведомственным знаком отличия «Академик И. В. Курчатов» I степени, медалью «За доблестный труд». За внедрение изобретения, которое было создано после 1973 г., ему был вручен нагрудный знак «Изобретатель СССР». В 1978 г. Шубин был удостоен бронзовой медали ВДНХ.
Постановлением администрации Зеленогорска от 4 декабря 1998 г. Анатолию Шубину было присвоено звание «Почетный гражданин города». Также является почетным гражданином города Заозерного.
В 2011 г. именем Анатолия Шубина была названа новая улица в Зеленогорске.