До самой отдаленной от центра — восточной, или азиатской — части России, как называли в XIX в. Сибирь, естественно, вводимые государством системы казенно-отраслевого и общеобразовательного обучения доходили значительно позже, а реализовывались далеко не в полном объеме. По Сибири сложилось несколько очагов организации и распространения школьного образования и обучения (Тобольск, Барнаул, Омск, Томск, Иркутск, Нерчинск). Енисейск же с Красноярском оказались на периферии и западносибирских, и южных, и восточносибирских образовательных центров. Тем более что административно-территориальное подчинение Приенисейского края все время до 1822 г. менялось: он подчинялся то Тобольску, то Барнаулу, то Томску, то, наконец, Иркутску. Это, конечно, мешало преемственности в образовательной политике и ее реализации. Отвечали за это, в первую очередь, губернаторы и губернские чиновники, а ведь известно, как многое в России, и особенно в тогдашней Сибири, зависело от лиц.
Либеральные реформы Александра I начала XIX в. несколько изменили систему духовного образования в стране. Согласно уставу 1804 г. все низовое образовательное звено впервые на государственном уровне оказывалось бессословным. В одноклассных приходских училищах могли учиться дети не только духовенства, но и тяглых сословий. Они проходили чтение, письмо, счет, Закон Божий, книгу о должностях человека и гражданина. Затем дети штатного духовенства должны переходить в духовные уездные училища с пятилетним обучением, размещавшиеся в городах, а из них — в семинарии.
В Приенисейском крае духовные приходские училища были двухклассными. В 1803 г. такое училище открылось в Енисейске, а в 1808 г. — в Красноярске. В 1820 г. 1 октября вновь открыли при Енисейском Свято-Спасском монастыре двухклассное духовное приходское училище. Его смотрителем был архимандрит Ксенофонт, а учителями — Иван Розанов и Василий Климовский.
В первый год назначили 25 учеников от 7 до 12 лет и старше, в т. ч. во второй класс — 10 человек. Однако треть учеников не приехала. Мотивы были разные: «чесотка», «головобиение» и особенно дальние расстояния, из-за чего родители обязывались учить на дому, или отдать в Тобольскую школу при семинарии, или на выучку в ближайшие города.
Из Красноярского заказа в училища поступало очень немного учащихся: в 1822 г. — пятеро, хотя было записано 10 человек. Поэтому вместо приватно и публично обучающихся, из-за частых неявок и пропусков, всех поселили с 1823 г. бурсой — общежитием в пристройке надвратной Захарьевской церкви Енисейского Свято-Спасского монастыря.
Программа была сокращенной. В 1-м классе изучали чтение на русском языке, славянское чистописание, нотное церковное пение. Во 2-м одолевали сокращенный катехизис, основы русской грамматики и четыре правила арифметики. Учителями были не только духовные, но и гражданские лица. Несмотря на общие скромные успехи, отдельные ученики успешно заканчивали потом семинарии и становились протоиереями и учителями. Даже второй после Никодима епископ Енисейский и Красноярский Павел (Петр Попов) был одним из выпускников Енисейского духовного училища.
Домашнее обучение явно преобладало и в начале XIХ в. В целом его имело до 70% штатного духовенства, причем до 25—30% их детей оказывались неграмотными, хотя заказчики ежегодно делали разборы поспевшим к положению в стихарь и зачислению в причетники. Родителей за неучей ежегодно штрафовали от 5 до 50 рублей, а кандидатов в ставленничество (получение чина и должности) отправляли учиться или доучиваться от года до нескольких лет. При этом их предупреждали, что «если не обучится, то имеет быть отдан в солдаты… или в светскую службу отошлется». Обучение растягивалось на долгие годы, а около 1/3 естественного прироста выпадало в ряды солдат или в налогоплательщики разных сословий, теряя полульготный наследственный статус. Причин этому было несколько: низкое материальное положение сельского низшего духовенства из-за небольшого числа прихожан, дороговизна школьного обучения, возможности сносно прожить в качестве крестьянина, ремесленника и торговца, жесткая церковная дисциплина, общий низкий статус духовного сословия, утилитарно подчиненного со времен Петра I государственным интересам светского характера.
Общий вклад духовного сословия в народное образование в Приенисейском крае выражался в школьных, домашних и частных формах. Если судить по динамике численности духовенства, он составлял не менее 0,4% (2,1 тыс. душ мужского пола) в 1795 г. и до 0,6% (7,5 тыс.) в 1861 г. среди всего населения края. Кроме того, часть грамотных поповичей забирали, или они сами уходили, в ходе губернской реформы 1775 г. (в Сибири — с 1783 г.) на гражданскую службу. Нужно учесть и то, что в духовных школах до 1780-х гг. и в приходских одноклассных училищах до 1820-х гг. обучались дети прихожан светских сословий.