На территории Боготольского района было найдено шесть археологических памятников, расположенных большей частью в окрестностях деревни Казанка на правом берегу реки Чулым. В их числе — стоянки и поселения эпохи неолита, бронзы, раннего железного века. Поселение начала I тыс. н. э. расположено на левом берегу Чулыма, в 3 км к северо-востоку от деревни Красная Речка. К XVII в. здесь проживали тюркские племена, которых называли чулымскими татарами. От них и было заимствовано название Боготол (в переводе с тюркского означает «малая прекрасная долина»). По другому варианту, Боготол образовалось от кетского гидронима «боготу», которое означает родовое название группы кетов, и от «ул» — «река».
Благоприятные условия для развития русских поселений сложились только к 1703 г. (когда прекратились постоянные набеги кыргызов). Появились первые села пашенных крестьян: Боготол, Красная Речка, Коробейники. Но активно территория района начала заселяться только со второй половины XVIII в. (в связи с окончательным устройством Московско-Сибирского тракта).
История Боготольского района начинается с образования села Боготол, предположительно, в 1703 г. Затем появились села пашенных крестьян Красная Речка, Коробейники. Крестьяне Причулымья занимались земледелием и скотоводством. Крестьяне сеяли озимую рожь, пшеницу ярицу, овес, ячмень, гречиху, лен, просо, коноплю.
Первые постоянные жители из русских были посельщиками из бывших помещичьих крестьян, которых в 1762 г. разместили на бывших станциях Боготольской и Краснореченской. К концу XVIII в. появились еще две небольших деревни Коробейникова и Верхнезерцальская. В селе Боготол к 1771 г. было 160 домов, соляные магазины. Село являлось административным центром и имело главный надзор над поселениями от Сусловки до Ачинска. В середине XVIII в. было построено два винокуренных завода — Боготольский и Краснореченский, которые производили в год 10 тыс. ведер водки каждый. Продукция этих заводов транспортировалась по всей Сибири и за Урал. Сырьем для винокуренного производства служила пшеница местного производства. Из-за двух винокуренных заводов томские власти удерживали за собой до 1917 г. Боготольскую и Краснореченскую волости, выделенные в связи с учреждением Ачинского уезда в 1782 г.
В 1804 г. в Боготольской волости Ачинского комиссарства насчитывалось 14 населенных пунктов, в том числе новые: Тюпоргина, Нижняя Зерцальская, Большая и Малая Тюхтетки, Макарова, Четская, Суслово, Тежино, Итат, Большая Касулька. Однако семь последних находились на территории современного Тюхтетского и Бирилюсского районов. Население было в достаточной степени обеспечено пахотными землями и рабочим скотом и поэтому не только не испытывало недостатка в хлебе, но и могло продавать его излишки на Краснореченский винокуренный завод, а также золотые прииски. Часть хлеба вывозилась в северные волости Томской губернии.
В первой половине XIX в. население в районе росло медленно. Сказывалось окраинное положение в Мариинском округе и закрытие заводов в 1841 и 1851 гг. По-прежнему на его территории преобладали выходцы и российских губерний, а енисейцев и томичей было сравнительно немного.
К середине XIX в. село Боготол стало значительным торговым центром близлежащей округи. Здесь практиковалась ярмарочная торговля. Важнейшее место в торговле занимал сбыт сала, масла коровьего, кож, овчин, зерна, муки, изделий кустарного промысла. Поддерживались связи с крупными торговыми центрами. Кроме того, в селе работали четыре кожевенных завода, пять мукомольных мельниц, три кирпичных завода. Хорошо было развито и кустарное ремесло. К 1896 г. в селе были открыты больница, православная церковь, еврейский молитвенный дом, богадельни, два сельских училища — мужское и женское (общеобразовательные школы), лесное училище, поступить в которое было нелегко из-за высокого конкурса.
Большие изменения в жизни боготольцев произошли в связи со строительством Сибирской железной дороги. Железнодорожный путь прошел в пяти верстах к северу от Боготола. В 1893 г. здесь была построена железнодорожная станция, получившая свое название от близлежащего села. Боготол с этого времени приобретает черты промышленного центра. Извозный промысел после проведения железной дороги приходит в упадок, и местные купцы Юдалевич и Кудояров направляют свои капиталы на выгодные подряды по производству шпал, строительные работы. С постройкой депо начинает формироваться железнодорожный пролетариат.
В 1913 г. вблизи села Боготол были обнаружены значительные залежи гончарных глин. По постановлению губернского управления земледелия и землеустройства в селе организовывается учебно-показательная гончарная мастерская.
В годы Столыпинской реформы на территории Боготольской волости, особенно в ее северной части, образуются переселенческие участки, возникают новые села и хутора, прокладываются дороги. Вместе с тем, приток переселенцев, наделение землей которых часто ущемляло интересы старожилов, приводит к обострению социальной напряженности в деревне, поэтому известия о революционных событиях 1917 г. в Боготоле были встречены с большим интересом.