Животный мир Западного Саяна составляют типичные обитатели сибирской тайги. Часто в самых разнообразных ландшафтах попадается бурый медведь. В тайге и в горах можно видеть марала, лося, кабаргу, бурундука, зайца-беляка, белку, реже росомаху, соболя, горностая, колонка, рысь, выдру, норку. Вблизи жилищ человека есть волки и лисы. На скалах по левому и правому берегам Енисея, где он входит в Саянский коридор, обитает горный козел, по-местному «джим».
В горных тундрах Ергак-Таргак-Тайги держатся целые стада сокжоев — северных оленей. Тут же водятся горные козлы и кабаны.
По кедровой тайге вблизи каменных россыпей встречается зверек из семейства грызунов — пищуха северная, или сеноставка. Охотники зовут ее «шадак». В Западных Саянах можно встретить снежного барса.
Из птиц наиболее многочисленна «сорока» тайги — кедровка. Часто можно увидеть или услышать дятлов (трехпалый и черный), клеста, щура, из куриных — глухаря, рябчика, белую и тундряную куропатку.
В Саянах обитают более 150 видов птиц, в том числе филин, сова, иволга, седоголовый щегол, конек пятнистый, лесной и горный, несколько видов пеночек и мухоловок, горная трясогузка, вьюрок, чечевица, чечетка, дрозды, овсянки. Ядовитые змеи-гадюки водятся по долинам рек, но редко выше 700—900 м над уровнем моря. Встречаются ящерицы.
В озерах и реках Западного Саяна много рыбы, чаще всего в озерах и горных реках попадается хариус сибирский, в более крупных реках по ямам и перекатам — ленок, таймень, налим, бывают елец, сорога, пескарь.
Типичные представители кровососущих — комары, мошка, мокрец, овод, — немногочисленны и почти не бывают в горах выше линии леса. Нет их и в хорошо продуваемых ветром речных долинах. Однако в закрытых солнечных заболоченных долинах в теплое время суток, особенно перед дождем, их много. Клещ, передатчик клещевого энцефалита, есть в предгорьях Западного Саяна, однако высоко в горах он не встречается.