После Октябрьской революции 1917 г. Щетинкин участвовал в установлении советской власти в Ачинске, в 1918 г. стал начальником уголовного розыска в Ачинске и начальником оперативного отдела Ачинского Совета, возглавлял штаб Ачинской гвардии. После выступления чехословацкого корпуса перешел на подпольную работу. В 1919 г. организовал партизанский отряд, был назначен помощником командующего армией А. Д. Кравченко. В 1920 г. принимал участие в походе на юг Енисейской губернии для восстановления советской власти.
Осенью 1920 г. Щетинкин участвовал в разгроме войск Врангеля в Крыму, командовал 21-м полком. В 1921 г. — начальник экспедиционного отряда, направленного в Монголию против войска Унгерна, 19 августа захватил Унгерна в плен и доставил в Новосибирск. В 1922—1926 гг. — начальник пограничных войск Западно-Сибирского военного округа. В 1926—1927 гг. — консультант-инструктор государственной военной охраны Монгольской Народной Республики. 30 августа 1927 г. был убит в Улан-Баторе при неясных обстоятельствах.
Похоронен 11 октября 1927 г. в Новосибирске, в сквере Героев Революции. Именем Щетинкина названы село в Красноярском крае и улицы в Ачинске, Красноярске, Железногорске, Ужуре, Абакане, Новосибирске, Кемерове, Омске и Татарске. В Минусинске именем Щетинкина назван сквер, там же ему установлен памятник.