История красноярского хоккея с мячом началась в довоенное время. В 1928 г. в Красноярске состоялся первый известный матч, а осенью 1934 г. при заводе «Красмаш» по инициативе его директора А. Субботина была образована команда «Строитель Востока». Она участвовала в первенствах города и края, но особых успехов сначала не имела. В 1938 г. ее переименовали в «Дзержинец», в 1941—1942 гг. — в «Авангард», затем на протяжении семи лет клуб назывался «Зенит», а в 1950—60-х гг. — «Металлист», после чего клуб наконец получил свое нынешнее название. В 1959 г. команда усилилась лучшими хоккеистами города. В сезоне 1959—1960 гг. «Енисей» занял восьмое место в чемпионате России, а в следующем сезоне и вовсе покинул первую лигу. В 1963 г. «Енисей» вернулся в класс сильнейших, но лишь на один сезон. В 1965 г. красноярцы окончательно вернулись в число лучших команд страны.
В сезоне 1974 г. в матче против «Уральского трубника» в составе «Енисея» дебютировали Сергей Ломанов, Андрей Пашкин и Виталий Савлук. С 1956 по 1960 г. в команде появились Виктор Шакалин, Юрий Першин, Юрий Лахонин, Виталий Ануфриенко, Сергей Шилов, Михаил Лещинский. При поддержке более опытных Виктора Ломанова, Юрия Иванова и Владимира Куманева в скором времени эта команда стала одной из лучших в стране. В 1978 г. «Енисей» выиграл бронзовые медали чемпионата СССР, а Сергей Ломанов был приглашен в сборную СССР.
В 1980 г. красноярцы выиграли свой первый чемпионский титул и десять лет подряд удерживали его. В 1984 г. к чемпионскому званию команда добавила титул обладателя Кубка СССР. Также в течение этого десятилетия «Енисей» шесть раз выигрывал Кубок европейских чемпионов и дважды — Кубок мира.
В 1991 г. команда завоевала свой 11-й чемпионский титул. Однако к сезону 1992 г. практически все прежние лидеры «Енисея» перебрались в шведские клубы, среди них были и Андрей Пашкин и Сергей Ломанов. Тогда главный тренер команды Виктор Ломанов обновил состав молодыми игроками 17—20 лет. В 1995 г. уехавшие хоккеисты вернулись в родной город, и вскоре Сергей Ломанов занял пост главного тренера.
В 1996 г. на стадионе «Енисей» была построена установка для производства искусственного льда, позволившая команде выходить на лед в начале октября, а уходить — в конце апреля. Трижды подряд (в 1997, 1998 и 1999) «Енисей» выигрывал Кубок России. Летом 1997 г. в команду влился сын главного тренера Сергей Ломанов-младший.
Весной 2001 г. красноярская команда выиграла свой 12-й титул чемпиона страны, а в ноябре того же года победила в Кубке европейских чемпионов, переиграв в финале шведский «Вестерос» — этот кубок не давался российским хоккеистам восемь лет подряд.
В дальнейшем команду вновь стали покидать ведущие игроки, и «Енисей» превратился в «середняка» Высшей лиги, занимая места с седьмого по десятое. Летом 2008 г. в команду вернулись Сергей Ломанов-старший, проведший год в звании главного тренера сборной России, и игроки чемпионского состава 2001 г.: Сергей Ломанов-младший, Анатолий Суздалев и Евгений Швецов. Осенью 2011 г. команда вернула себе звание сильнейшей команды планеты, став трехкратным обладателем мирового кубка. В феврале 2013 г. шестеро игроков «Енисея» в составе национальной сборной России стали чемпионами мира. Наконец весной 2014 г. «Енисей» в 13-й раз стал чемпионом России.
