До 2002 г. предоставлением авиационных услуг занималось государственное унитарное предприятие. В 2002 г. Норильское авиапредприятие обанкротилось, на базе его имущества было создано ЗАО «Алыкель» — дочернее предприятие горно-металлургической компании «Норильский никель». Первоочередные проблемы, которые приходилось решать, — критическое состояние взлетно-посадочной полосы и аэропортового комплекса в целом.
В 2003 г. взлетно-посадочную полосу капитально отремонтировали, ввели в эксплуатацию весовую систему грузоподъемностью 60 т, что позволило вести 100-процентный контроль фактической загрузки воздушных судов. В 2004 г. обновили парк аэродромных машин и стали применять новые технологии подготовки летного поля.
В 2005 г. началась реконструкция здания аэровокзала и модернизация всех объектов инфраструктуры аэропортового комплекса. В 2006 г. при аэропорте была сдана в эксплуатацию гостиница на 68 мест. В это время приобрели аэродромный спецавтотранспорт: пассажирские трапы, перронные автобусы, автопогрузчики, спецтехнику для обслуживания самолетов и др.
В 2007 г. в аэропорту была установлена система управления и мониторинга огней взлетно-посадочной полосы, принципиально изменилась технология, качество и скорость обслуживания пассажиров, пропускная способность выросла с 450 человек в час до 600. В 2007 г. за большой вклад в развитие материально-технической базы предприятия аэропорт Норильск был награжден почетной грамотой ассоциации «Аэропорты гражданской авиации» в номинации «Лучший аэропорт года стран СНГ».
В 2008 г. был сдан в эксплуатацию новый пассажирский терминал с двумя телескопическими трапами — теперь пассажиры попадают на борт воздушного судна и из него в аэровокзал, не выходя на перрон. В начале 2010 г. ЗАО «Алыкель» было преобразовано в ООО «Аэропорт „Норильск“». В этом же году аэропорт отметил свой юбилей — 60 лет.
Современный аэропорт Норильск является динамично развивающимся авиапредприятием, оказывающим быстрое, безопасное обеспечение полетов пассажиров, транспортировку багажа, различных грузов и почты. В аэровокзале созданы комфортные условия для пассажиров.
Центральный офис аэропорта Норильск расположен по адресу: Красноярский край, город Норильск, ул. Нансена, 64.