История предприятия началась в октябре 1933 г., когда в Подтесовской протоке вынужденно остановились на зимний отстой и ремонт более 30 судов. Команды судов составляли 102 человека, и расселить их в деревне не было возможности, поэтому строили землянки. Только со строительством завода в 1938 г. все землянки были снесены.
Начальником подтесовской зимовки был Е. К. Крылов, техноруком С. Г. Плешков, караванным капитаном П. Д. Булатов. Суда были расставлены на коренном берегу, построены баня, кузница, механические мастерские, общежития. Руководили ремонтом по машинам С. Г. Плешков, первый механик Н. Н. Ефремов и второй механик К. Ф. Селезнев, по палубной части — старший помощник М. Е. Дерягин и боцман Г. И. Габов. Зимовка судов в Подтесовской протоке положила начало основанию судоремонтных мастерских. 27 февраля 1934 г. на объединенном заседании бюро Енисейского райкома партии и президиума райисполкома было принято решение о начале строительства затона, мастерских и поселка. За главным управлением Северного морского пути был закреплен участок земли на правом берегу Енисея площадью 2,5 кв. км для промышленного строительства и рабочего поселка, часть земель отошла от колхоза «Путь Ленина». Уже в 1934 г. в Подтесово были построены мастерские, бараки для рабочих, пекарня, кухня, столовая, поставлен электродвигатель, который осветил деревню, колхозные постройки. Сделали даже клуб, где своими силами готовили представления. С концертами выезжали в соседние деревни. Самым большим событием для подтесовцев был приезд кинопередвижки, которую также заказали речники.
Зимовки в протоке стали повторяться, в связи с чем созрело решение основать в этом месте постоянную зимовку и построить судоремонтные мастерские. Инициатором этого был легендарный ученый и начальник Главсевморпути Отто Юльевич Шмидт. С января 1939 г. объект носил официальное название «Подтесовские судоремонтные мастерские». В межнавигационный период 1939—1940 гг. в мастерских на отстое находилось уже 86 судов, из которых 24 — самоходные. Из-за отдаленности от краевого центра и сложности доставки грузов приходилось почти все производить на месте: заготавливать лес для строительства зданий, добывать камень для фундамента, производить кирпич. В конце тридцатых годов были построены литейка, кузница, установлена пилорама-шпалорезка, барак со столярной мастерской, электростанция, механическая мастерская.
В 1945 г. началось строительство постоянной дамбы. В сороковые годы были построены социальные и бытовые объекты, появились библиотека, комбинат бытового обслуживания, установлено радио, обслуживающее 12 радиоточек. Для рабочих и их семей имелась больница на 8 коек. В 1946 г. Подтесово получило статус рабочего поселка, в октябре был образован поселковый совет. Судоремонтные мастерские с 1949 г. были реорганизованы в Подтесовский судоремонтный завод. Строителями Норильского комбината было завершено возведение каменно-набросной дамбы, таким образом, был создан безопасный для отстоя судов затон.
В 1950-е гг. в действие вступили основные производственные цеха и слип, бурно рос флот. Судоремонтный завод по своей сути превращался в ремонтно-эксплуатационную базу флота (РЭБ) — крупнейшую в системе Министерства речного флота.
В 1980—1990-х гг. на техническом обслуживании Подтесовской РЭБ состояло более 450 судов — автоматизированные теплоходы и крупнотоннажный несамоходный флот. Объем перевозок судами флота составлял 50 % всего объема перевозок Енисейского пароходства. Перевозки шли по Енисею, Ангаре, Подкаменной и Нижней Тунгускам, Сыму, Курейке, Хантайке и другим притокам Енисея. В составе перевозок лес в плотах, грузы для Норильского горно-металлургического комбината и его продукция, строительные материалы для Хантайской и Курейской ГЭС, грузы для геологов, работавших в междуречье Подкаменной и Нижней Тунгусок.
В середине 1990-х гг. финансовое положение РЭБ флота ухудшилось. Ее разделили на два самостоятельных предприятия.