Начало университета было положено в 1963 г., когда Минвуз одобрил предложение знаменитого советского физика, академика Академии наук СССР Леонида Киренского, выступившего с инициативой создания в Красноярске филиала Новосибирского государственного университета для подготовки физиков, математиков и биофизиков. В 1969 г. филиал был преобразован в Красноярский государственный университет — КрасГУ. В состав нового вуза вошли физический, математический, юридический и биолого-химический факультеты.
С 1974 г. Красноярск начал готовить собственных журналистов, библиотекарей, социальных работников, лекторов, теоретиков искусства и специалистов по работе с молодежью: в КрасГУ открылся факультет общественных профессий.
В 1976 г. при вузе открылась краевая летняя школа. Ее прототипом послужила физико-математическая школа Новосибирска. В этом же году КрасГУ пополнился факультетами филологии и экономики. На следующий год в вузе организовали кафедру экологии, открыли собственный ботанический сад и проблемную лабораторию физиологии и светокультуры растений. К этому времени в КрасГУ обучалось уже более 3 тыс. студентов.
С 1980 по 1983 г. в университете были построены корпуса физического, экономического и математического факультетов, второе общежитие и студенческая столовая, была создана базовая кафедра ЦКБ «Геофизика», открылся клуб самодеятельной песни и административный корпус. По итогам 1983 г. КрасГУ вошел в число 20 лучших вузов РСФСР и был впервые награжден почетной грамотой Минвуза. В 1985—1986 гг. были достроены и сданы спорткомплекс университета и общежитие № 3, открылись университетская межвузовская поликлиника и корпус биолого-химического факультета. В Железногорске была создана Школа космонавтики, курируемая КрасГУ. В 1987 г. открылся психолого-педагогический факультет, а КрасГУ по итогам года вновь вошел в список лучших вузов страны и получил очередную почетную грамоту Минвуза СССР.
В 1988 г. краевой комитет КПСС принял программу преобразования Красноярского университета в «Центр науки, культуры и коммунистического воспитания». Университет получил возможность проведения краевой программы «Кадры». Было введено свободное посещение всех лекций университета, кроме эстетического цикла, физического воспитания и практики. В этом же году произошло разделение биолого-химического факультета на биологический и химический факультеты. В 1989 г. университет заключил договор о сотрудничестве с железногорским Горно-химическим комбинатом, вуз посетила первая делегация из Хэйлунцзянского университета.
В 1990 г. для разработки высокоэффективных способов получения особо чистых металлов, полупроводниковых материалов и средств телекоммуникаций на основе новейших технологий был создан научно-исследовательский инженерный центр «Кристалл», директором которого стал доцент и заведующий кафедрой физической химии Красноярского университета, кандидат химических наук С. Г. Бахвалов. В это же время совместно с Сибирской государственной аэрокосмической академией было создано межвузовское инженерно-физическое отделение.
В 1993 г. в университете появился учебно-методический центр по программированию и новым информационным технологиям в обучении. В 1994 г. Красноярский государственный университет совместно с Вашингтонским университетом создал Центр подготовки малого и среднего бизнеса (RUSA). Также в 1994 г. открылся Институт экологии, рыбохозяйственных водоемов и наземных биосистем, который возглавил доктор физико-математических наук, профессор В. Н. Лопатин.
В 1995 г. в КрасГУ открылся факультет физической культуры и спорта, а в 1996 г. — факультет современных иностранных языков. В 1998 г. Красноярский государственный университет вместе с Московским университетом впервые в России открыл новое направление по подготовке студентов по специальности «химия» с присвоением квалификации «химик, материаловед-исследователь». В этом же году при университете открылась «Юридическая клиника», целью которой стало оказание бесплатных юридических консультаций красноярцам.
К 2005 г. университет подготовил более 20 тыс. специалистов и насчитывал около 12,5 тыс. студентов и аспирантов. В вузе работали 1 353 сотрудника, из них 720 преподавателей. К 2006 г. Красноярский госуниверситет готовил специалистов по 13 направлениям и 42 специальностям, обучение велось на 12 факультетах и 70 кафедрах. На дневном отделении обучалось около 8 тыс. студентов. В вузе работало более 100 профессоров и докторов наук, более 300 кандидатов наук и 700 преподавателей.
Распоряжением Правительства РФ от 4 ноября 2006 г. к КрасГУ присоединили три крупных вуза Красноярска, образовав Сибирский федеральный университет.