С 2005 г. в вузе активно развиваются приоритетные научные направления: нейронауки, кардиология и кардиохирургия, клеточные технологии и биополимеры, здоровье семьи, особенности онтогенеза в норме и при патологии. Базой для фундаментальных и клинических исследований служат Центральная научно-исследовательская лаборатория, НИИ молекулярной медицины и патобиохимии, специализированные научно-исследовательские лаборатории: морфологическая, интегративной антропологии, здоровья семьи, клеточных технологий. В университете работают семь научно-образовательных центров: «Трансляционная медицина», «Кардиоваскулярная и цереброваскулярная патология», «Стоматология», «Пульмонология», «Хирургия», «Управленческие и информационные технологии в медицинском образовании и здравоохранении», «Морфология».
Здесь ведутся исследования по шести приоритетным научно-исследовательским направлениям, в том числе в сотрудничестве с университетами и научными центрами Российской Федерации (Красноярска, Москвы, Томска, Новосибирска и др.) и зарубежных стран (Японии, США, Германии, Франции, Италии и др.). Исследования поддержаны крупными грантами, в том числе грантами Президента РФ для поддержки научных исследований молодых ученых, государственными контрактами в рамках ФЦП, грантами Российского фонда фундаментальных исследований, Красноярского краевого фонда поддержки научной и научно-технической деятельности, а также фондов и университетов зарубежных стран.
Ежегодно сотрудники вуза осуществляют исследовательские проекты по более чем 30 грантам и более чем 20 договорам на выполнение международных и российских клинических исследований.
На базе КрасГМУ открыты филиалы на функциональной основе крупных НИИ РАМН и Минздрава России, развиваются новые формы сотрудничества с Сибирским отделением РАМН.
Более 60 % студентов занимаются в студенческих научных обществах, созданных на всех теоретических и клинических кафедрах. Ежегодно в университете проходит студенческая научно-практическая конференция, а состоявшийся в 2007 г. в КрасГМУ 1-й съезд студенческих научных обществ медицинских вузов Российской Федерации способствовал выявлению многих новых имен талантливых молодых ученых. В этом же году деятельность СНО КрасГМУ признана лучшей среди медицинских вузов Российской Федерации. В вузе систематически проводятся олимпиады и различные конкурсы, благодаря которым происходит активное вовлечение студентов в творческую познавательную деятельность.
В 2011 г. с участием КрасГМУ были созданы пять малых инновационных предприятий, проекты которых принимают участие в программе «Старт-2011» по направлениям «Медицина», «Приборостроение», «Биотехнология». В этом же году вуз получил свидетельство об аккредитации на право проведения клинических исследований лекарственных препаратов для медицинского назначения.
В 2012 г. КрасГМУ получил государственное задание Министерства здравоохранения РФ. Для его реализации из средств федерального бюджета было приобретено высокотехнологичное оборудование для проведения работ в области клеточной и молекулярной биологии, нейробиологии, биотехнологии, медицинской протеомики. В настоящее время в рамках задания разрабатываются современные технологии молекулярной диагностики инфекционных и онкологических заболеваний с использованием аптамеров, а также выполняются комплексные научные исследования по поиску новых молекулярных маркеров патологии нервной системы, эндотелиальной дисфункции, эндокринного бесплодия, сердечных аритмий и инфаркта миокарда, инфекционной патологии.
Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В. Ф. Войно-Ясенецкого расположен по адресу: 660022, г. Красноярск, ул. Партизана Железняка, 1. Официальный сайт: krasgmu.ru.