Структура СибГАУ представлена пятью институтами: космической техники, информатики и телекоммуникаций, космических исследований и высоких технологий, военным и институтом непрерывного образования. Студенты и преподаватели института космической техники работают в области практической космонавтики, создают новые конструкции узлов и агрегатов космических аппаратов, занимаются патентованием найденных новых технических решений. Выпускники трудоустраиваются в Красноярском крае на базовые предприятия СибГАУ — в ОАО «Информационные спутниковые системы» имени академика М. Ф. Решетнёва, а также на другие предприятия Роскосмоса и мировой космонавтики в Москве, Санкт-Петербурге, Омске, Самаре, Оренбурге, других городах страны и за рубежом.
Институт информатики и телекоммуникаций дает образование мирового уровня в области информационных технологий и телекоммуникаций. Студенты уже с первого курса вовлечены в увлекательные разработки, строят высокотехнологическое будущее нашей страны. Студенты осуществляют автоматизацию проектов космических планетарных станций и учат роботов перемещаться в неизвестной среде, разрабатывают системы распознавания лиц на видеоизображениях и следов пожаров на спутниковых снимках.
В институте космических исследований и высоких технологий готовят современных физиков — специалистов по проектированию и конструированию нестандартных технических устройств, основанных на новых физических законах. Студенты изучают физические свойства полупроводников и наноматериалов, нанотехнологии и космическое материаловедение.
Военный институт включает учебный военный центр и факультет военного обучения. В учебном военном центре ведется профильная подготовка кадровых офицеров. При поступлении в УВЦ молодые люди заключают контракт с Минобороны, а по окончании должны будут отслужить три года офицерами ВС. Факультет военного обучения ведет подготовку офицеров, сержантов и солдат запаса для ракетных войск стратегического назначения и Главного ракетно-артиллерийского управления по военно-учетным специальностям.
В СибГАУ представлены следующие факультеты: машиноведения и мехатроники, гражданской авиации и таможенного дела, инженерно-экономический, гуманитарный, физической культуры и спорта, международная высшая школа бизнеса. Также вуз имеет учебное подразделение среднего профессионального образования — аэрокосмический колледж, выпускники которого востребованы на предприятиях оборонно-промышленного комплекса. У Сибирского государственного аэрокосмического университета имени академика М. Ф. Решетнёва есть два филиала — в Железногорске и Зеленогорске.