Первые сведения о Казанцевском принадлежат к 1791—1795 гг. Село было основано братьями Казанцевыми: Макаром, Ильей, Степаном и Семеном. Один из братьев построил дом на правом берегу реки, а трое других — на левом берегу. Вокруг их заимки постепенно выросла деревня, которую и назвали по имени братьев Казанцевых. В. А. Ватин в книге «Село Минусинское: исторический очерк» сделал запись: «1791 год в Казанцевой было пять душ Казанцевых, но много и других фамилий…»
К 1816 г. в селе жили семь братьев Казанцевых, насчитывалось 22 двора и 147 жителей. В 1867 г. была построена церковь и открылась первая церковно-приходская школа. Преподавателем был Андрей Николаевич Растягаев.
В XIX в. в селе работали три лавки. В декабре 1871 г. в Казанцевское ссылается поляк Станислав Наперковский за участие в Польском восстании. В селе ссыльный занимался изготовлением колбас. Жители села в основном занимались земледелием, рыболовством, охотой и огородничеством — выращивали озимую рожь, пшеницу, брюкву, капусту, лук.
После революционных событий 1905 г. в село были сосланы социал-демократы: Г. Г. Сидоров, И. И. Колов, Е. И. Лукьяненко, С. Т. Вигнер, Я. В. Лонцких, М. В. Михайловская.
В 1927 г. в Казанцеве был создан первый колхоз в Шушенской волости. В 1929 г. действовали коллективные хозяйства «Объединение», «Экономия» и «Община». После создания Шушенского района в 1944 г. на территории Казанцевского сельсовета работали сельхозартели и колхозы: «Первая сессия Верховного Совета СССР», им. Калинина, им. Карла Маркса, «16 лет ВЛКСМ», им. Коминтерна. Затем они реорганизуются в совхоз «Шушенский», занимавшийся культивированием зерновых культур. В селе развивается социальная инфраструктура. В 1934 г. был построен мост через Ою, который служил до 1982 г.