По данным Государственного архива Красноярского края, деревня Нижний Кужебар образовалась в 1826 г. Первыми жителями стали переселенцы из Орловской и Рязанской губерний. Деревня входила в состав Второго участка Минусинского округа Енисейской губернии, позже Сагайской волости Минусинского уезда. Население занималось сельским хозяйством, кузнечным делом, хлебопашеством, охотой и торговлей.
Первая школа в Нижнем Кужебаре открылась в 1914 г., в школе учились только дети богатых родителей. Современное здание школы было построено в 1982 г. Сегодня в учебном заведении учится немногим более 50 ребят.
По данным Енисейского губернского статистического бюро за 1917 г., в деревне работали школа, потребительское общество. Численность населения составляла 1 022 человека: мужского пола — 515, женского пола — 507. Сельский Совет на территории Нижнего Кужебара был образован в 1919 г.
Советская власть в селе установилась в 1918 г. В 1929 г. был организован колхоз «Новая жизнь», в который вступили 29 хозяйств. В 1930—1931 гг. организовалось еще два новых колхоза: «Пятилетка в три года» и «Красная заря». В 1930 г. в Нижнем Кужебаре открылся маслозавод.
В связи с тем что основу населения как в Нижнем Кужебаре, так и в Верхнем Кужебаре, составляли зажиточные крестьяне, владевшие крепкими хозяйствами, коллективизация проходила в сложных условиях. В 1930 г. кулаки организовали вооруженную группу и подняли восстание против советской власти. В ходе восстания погиб первый секретарь комсомольской организации села С. И. Калинин. Его могила расположена на территории Нижнекужебарского сельсовета.
