По одной из легенд, в местах, где ныне расположено село, проживал когда-то князь Шабала. По другой легенде, здесь жили зажиточные казаки Шабалины. Согласно третьей версии, название поселению дала протекающая здесь вертлявая речка Шалаболка.
Основали село в 1719 г. казаки и крестьяне. Жители занимались земледелием, охотой, рыболовством и разведением овец, коров, лошадей, домашней птицы. В середине XIX в. в село прибыли вольные переселенцы, так как здесь бесплатно раздавались приличные наделы земли.
В 1851 г. на средства местных жителей и золотопромышленника Артемьева была построена Троицкая церковь. По переписи 1859 г. в селе насчитывалось 143 двора и 976 жителей.
15 октября 1884 г. в селе открывается церковно-приходская школа. Изначально она располагалась в деревянном здании, построенном в 1853 г. А уже к 1916 г. школа занимала три здания.
До 1911 г. Шалоболино входило в состав Тесинской волости, но после реорганизации Минусинского округа в уезд была образована Шалоболинская волость. В это время в селе насчитывалось 348 дворов и 2 046 жителей, действовали церковь, церковно-приходская школа, общество потребителей, лавка, казенная винная лавка № 125, хлебозапасный магазин, проходил базар по пятницам.
Советская власть в Шалоболине установилась в ноябре 1917 г., но 1 июня 1918 г. в результате контрреволюционного переворота, организованного казачьей верхушкой и офицерами бывшей царской армии, она пала. В годы Гражданской войны создается группа Красной самоохраны, которая участвовала в бою, носящем название «Шалоболинский бой». Памятник павшим в боях за советскую власть установлен на сельском кладбище, а комсомольцу С. С. Казюрину установлен памятник возле современного Дома культуры.
В 1926 г. на территории Шалоболинского сельсовета располагалось 722 хозяйства, в которых проживали 3 558 человек. В годы коллективизации здесь создается одна из первых коммун им. К. Маркса.
В 1933 г. под Шалоболинскую семилетнюю школу было выделено новое здание, которое просуществовало до 1986 г.
