Первый проект в 1844 г. предложил архитектор Рачинский — в его варианте это было одноэтажное здание. Позднее поправки к проекту сделал архитектор Я. Набалов, а в связи с надстройкой второго этажа в проект внес свои дополнения и городской архитектор В. Битюцкий. Здание строилось с 1857 по 1865 г. Стоимость строительства составила 56 тыс. рублей.
Гостиный двор принадлежал городскому обществу. На первом этаже было 17 торговых лавок и биржевой зал, на втором этаже — общественные и присутственные места. В подвале размещались склады. С 1874 по 1881 г. второй этаж занимал губернский архив. С 1904 по 1929 г. в здании Гостиного двора размещался Красноярский краеведческий музей, с 1929 г. — Енисейское центральное книгохранилище. В настоящее время в здании размещается Государственный архив Красноярского края.
На сегодняшний день здание претерпело значительные изменения: заложены все арочные проемы галерей, утрачены печные трубы, водосточные трубы с навершиями, парапетные столбики, четырехгранный купол трубы, разобраны три входа в подвал.
Указом Президента Российской Федерации в 1995 г. здание Гостиного двора в Красноярске было внесено в перечень объектов культурного наследия федерального значения.
