В XVII в. Туруханский монастырь стал единственным фактором присутствия России в местах, оторванных на десятки и сотни верст от станков первопроходцев.

Свято-Троицкий мужской монастырь в Туруханске был основан в 1657 г. опальным монахом Тихоном в устье реки Нижней Тунгуски, в 30 верстах от последнего населенного пункта на пути продвижения первопроходцев, осваивающих Восточную Сибирь. Утвержден царем Алексеем Михайловичем в 1664 г.
«Черный поп» Тихон носил вериги весом в 1/2 пуда и чугунный крест в 6 фунтов, которые и по настоящее время хранятся в монастыре. Тихон был родом из Великого Устюга: занесенный колонизационной волной в Сибирь, он отливал свечи и торговал ими в Енисейске, где и возбудил против себя недовольство местного воеводы. Чтобы избежать, по словам Тихона, «томительных мучений и бесчестия», он вступил в число братии Енисейского монастыря, а позднее, в 1656 г., ночью отправился в плавание вниз по Енисею. В устье Нижней Тунгуски Тихон построил часовню и келью и приготовился к пустынножительству, но к нему постепенно стали стекаться люди, склонные к монашеству. К 1660 г. вокруг него собралось много братии, а на месте часовни начал строиться храм Живоначальной Троицы. Тихон принял сан священника и возглавил монастырь. Тихон привез в основанную им обитель редкие рукописные книги, жития святых, летописи, царские грамоты, положив начало богатой монастырской библиотеке. Эта библиотека сгорела в 1726 г.
В 1670 г. из умирающего города Мангазеи в монастырь были перенесены мощи сибирского святого Василия Мангазейского. В 1720 г. по распоряжению митрополита Тобольского Филофея они были положены в землю в южной половине храма Живоначальной Троицы. Мощи хранились здесь до закрытия монастыря в 1920-е гг. К ним стекалось много паломников.