В начале 1890-х гг. в связи с проектированием Сибирской железной дороги развернулось геологическое изучение местности вдоль будущей трассы. По результатам этих исследований К. И. Богдановичем была составлена первая геологическая карта Красноярского, Канского и Ачинского округов. В 1896 г. К. И. Богданович одним из первых указал на наличие угольных пластов в Минусинском округе.
В 1893 г. видный исследователь Арктики Э. В. Толль в ходе экспедиции в район Анабарской губы и Хатангского залива открыл плоскогорье на междуречье Анабара и Попигая, сделал орографическое описание хребта Прончищева, собрал ценную палеонтологическую, зоологическую и этнографическую коллекции. Во время своей второй экспедиции в 1900 г. он организовал обширное геологическое исследование побережья Таймыра, а также провел геофизическое и метеорологическое изучение местности.
Большую роль в изучении крестьянского хозяйства Енисейской губернии сыграл В. Ю. Григорьев. Он участвовал в статистическом обследовании крестьянских хозяйств Енисейской губернии, организованном в начале 1890-х гг. департаментом государственного земельного имущества. Результатом обследования стал многотомный труд «Материалы по исследованию землепользования и хозяйственного быта сельского населения Иркутской и Енисейской губерний». Григорьеву в нем принадлежали разделы «Население» и «Землевладение», в которых содержались обширные сведения о численности населения, размере посевных площадей, урожайности и характеристике производительных сил крестьянского хозяйства.
С Красноярском была связана деятельность известного сибирского историка и архивиста Н. Н. Бакая. В начале 1890-х гг. он возглавил работу комиссии по разборке архивов разных учреждений Енисейской губернии. Благодаря неутомимой деятельности ученого были спасены уникальные документальные материалы по сибирской истории, оказавшиеся под угрозой исчезновения.
Пионером в изучении археологических памятников палеолита на территории края можно назвать И. Т. Савенкова. В 1884 г. при раскопках на Афонтовой горе в окрестностях Красноярска он обнаружил стоянку древнего человека, отнесенную им к эпохе палеолита. Находка ученого имела сенсационный характер, т. к. коренным образом меняла научные представления о границах расселения человека в древности.
В 1907 г. Савенков возглавил Минусинский музей. В поле его интересов оказались памятники древнего наскального искусства, обнаруженные в верховьях Енисея и его притоков. Собранный материал послужил основой книги «Изобразительное искусство на Енисее» (М., 1910), в которой он высказал новаторские мысли о датировке енисейских петроглифов и эволюции наскальной живописи к первобытным системам письменности. Эта работа получила высокую оценку в академических кругах, Савенков был удостоен диплома члена-корреспондента Академии наук.
Исключительное значение для организации научного изучения Енисейской губернии имело создание в 1901 г. Красноярского подотдела Русского географического общества. Отдел вскоре стал главным центром по организации и финансированию научных экспедиций, координации связей с научными учреждениями в губернии и за ее пределами. К числу наиболее значительных исследовательских проектов, осуществленных членами отдела, следует отнести этнографическую экспедицию Ф. Я. Кона в Урянхайский край в 1902 г., экспедицию П. Е. Островских по изучению физико-географических особенностей Туруханского края в 1904 г., экспедиции А. Я. Тугаринова в 1907—1908 гг. с целью комплексного изучения природы и населения Туруханского края.