Герб и флаг города Боготола свидетельствуют о значении города как важного транспортного узла.
На официальных символах города Боготола — на гербе и флаге — изображены единорог и колесо. «В червленом поле на зеленой оконечности восстающий серебряный единорог с золотыми глазами, рогом и копытами, ударяющий левым передним копытом в обод поставленного справа внизу золотого колеса», — говорится в описании герба. Символы связаны со становлением и развитием города.
Старый Боготол был крупным притрактовым селом. Удачное расположение позволило селу со временем стать значимым торговым центром округа, а при строительстве в 1890-х гг. железной дороги в Боготоле была образована железнодорожная станция.
Современный город Боготол — один из крупных железнодорожных узлов Красноярского края. Здесь расположены многочисленные службы железной дороги: локомотивное депо, вагонное депо, дистанция пути, дистанция связи, участок энергоснабжения.
Фигуры герба отражают особенности города. Единорог — исторический символ, использовавшийся еще на печати Красноярского острога в 1644 году, подчеркивает особую роль Боготола в жизни Красноярского края. Единорог, опирающийся на колесо, символизирует важность Боготольского транспортного узла для экономики всего края. Единорог — традиционный символ силы и непобедимости, процветания, благоденствия, животворной энергии. Колесо — символ движения вперед, развития, неутомимости, в гербе города также символизирует транспортный узел.
Золото — символ уважения, интеллекта, богатства, стабильности. Серебро — символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Червленый (красный) цвет — символ мужества, силы, труда, красоты. Зеленый цвет — символ природы, здоровья, жизненного роста; в гербе города подчеркивает плодородие боготольской земли.
Флаг города Боготола разработан на основе герба и представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края зеленую полосу в 2/9 ширины полотнища и воспроизводящее фигуры герба: единорога и колесо, выполненные белым и желтым цветами.
Официальные символы города утверждены решением Боготольского городского Совета от 3 июля 2008 г. Герб и флаг города внесены в Государственный геральдический регистр Российской Федерации, записи № 4235 и № 4236. Герб города может воспроизводиться со статусной короной.