У истоков создания Богучанского музея стояла Александра Александровна Рукосуева — директор районной библиотеки. Она начала сбор материалов о большевиках-ленинцах района.
Далее становление музея связано с именем Даниила Марковича Андона. Он вел большую воспитательную работу с молодежью, собирал материалы по истории Богучанского района, которые размещались в здании Дома пионеров. Благодаря усилиям Д. М. Андона в 1988 г. было построено деревянное одноэтажное здание для районного музея.
С января 1990 г. музей становится филиалом Канского краеведческого музея. 1 января 1992 г. Богучанский филиал Канского краеведческого музея переименован в Богучанский государственный музей. В этом же году при музее организован фольклорный коллектив «Ангарские напевы».
6 октября 1993 г. выходит постановление Богучанского райисполкома об образовании Богучанского краеведческого музея.
Решением Богучанского райисполкома народных депутатов в 1998 г. за большой вклад в организацию краеведческого музея, личный авторитет, неоценимое духовное влияние на культурную жизнь района музею было присвоено имя Д. М. Андона.
В 1997, 1999, 2001 гг. Богучанский краеведческий музей принимал участие в музейных биеннале, которые проходили в городе Красноярске.
В 2000 г. в профессиональном конкурсе на приз комитета по делам культуры и искусства администрации Красноярского края «Вдохновение» музей удостоен диплома за третье место. В течение нескольких лет музей принимает участие в конкурсах на международную премию «Филантроп».
17 февраля 2005 г. пожар уничтожил музей и экспонаты. В апреле 2005 г. в районном Доме культуры было выделено помещение для сотрудников музея, которые должны были заниматься сбором экспонатов. Жители села Богучаны откликнулись на просьбы помочь восстановить утраченные предметы истории и приносили все, что было для них памятью. Экспонаты собирались у жителей и по заброшенным домам и сараям. К открытию музея было собрано и учтено более полутора тысяч экспонатов.
Гордостью музея является оскол петроглифа «Геофизик» — камень-валун базальтовой породы, возраст которого более 3 тыс. лет. На поверхности камня выбиты желоба и антропоморфные изображения.
25 августа 2007 г. к юбилею села Богучаны и Богучанского района состоялось открытие нового здания музея.
В 2008–2009 гг. была разработана и реализована концепция экспозиции нового типа, согласно которой музейная экспозиция не является статичной композицией витрин и экспонатов, а выступает своего рода «живой», легко узнаваемой средой. Сценарий новой экспозиции был построен на теме символичного путешествия-сплава по реке — вдоль смысловой оси сквозной стены «Реки» в музее обустроены различные по форме и материалу камер-кабинеты: «Пещера», «Мать-сосна», «Изба», «Разобранный храм», «Сундук», «Советское время», «Плотина».
В 2010 г. в музее была разработана и реализована идея создания нового модульного экспозиционно-выставочного оборудования: «Ангарский водонос», «Сталактиты в древней пещере», «Печи из церковных кирпичей», «Бабушкин чердак».
Богучанский краеведческий музей имени Д. М. Андона расположен по адресу: 663430, Красноярский край, Богучанский р-н, с. Богучаны, ул. Партизанская, 45.