Предприятие было основано в 1959 г. как Красноярский завод медицинских препаратов. Уже в апреле 1959 г. была выпущена первая товарная партия красноярского пенициллина. В 1961 г. государственная комиссия приняла в постоянную эксплуатацию объекты второй очереди завода, в том числе главный корпус производства стрептомицина с цехами ферментации и химической очистки препарата.
С 1963 г. продукция завода начала экспортироваться во многие страны мира. В 1965 г. предприятие вышло на проектную мощность. В 1966 г. вступила в строй третья очередь завода по производству декстрановых препаратов и инъекционных растворов. В 1969 г. запущена четвертая очередь завода по производству инфузионных растворов.
В 1971 г. завод был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Впоследствии, в 1987 г., орден был подтвержден.
В 1982 г. заводу было присвоено имя 60-летия СССР. В 1983 г. за широкий ассортимент выпускаемой продукции заводу присвоили статус комбината. В сутки красноярский комбинат медпрепаратов выпускал более 1,5 млн флаконов пенициллина натриевой соли и более 1 млн флаконов стрептомицина сульфата. При комбинате содержался крупнейший в СССР виварий с лабораторными животными, необходимыми для испытания выпускаемых препаратов.
В 1990-е гг. ферментация пенициллина и стрептомицина на комбинате была прекращена, цеха закрыты, оборудование было выведено из строя и разобрано на металлолом. В 1993 г. предприятие акционировалось и было преобразовано в акционерное общество «Красфарма», входящее в структуру холдинга «Валента» (бывшее ОАО «Отечественные лекарства»).
В октябре 2008 г. «Валента» продала принадлежавшие ей акции «Красфармы» ООО «Русская компания химического инжиниринга» (РКХИ). Ныне большая часть акций завода принадлежит коммерческим структурам.