Православное освоение Сибири началось в 1607 г., когда в поселении Новая Мангазея на Турухане (ныне село Туруханск) казаками была основана часовня во имя Николая Чудотворца. Учредить Енисейскую епархию было положено на Московском соборе 1681 г., однако создания епархии тогда не произошло, а территория принадлежала сначала к епархиям Тобольской и Иркутской, потом к Иркутской и наконец — к Томской.
В 1861 г. Енисейская епархия была выделена из состава Томской, кафедра была образована в губернском городе Красноярске. К моменту открытия в епархии было 232 церкви, три мужских и два женских монастыря, два мужских и одно женское духовное училище. Клир епархии насчитывал 198 священников, 44 диакона и 221 псаломщика.
Первым из красноярских архиереев назначенным на новую архиерейскую кафедру стал преосвященный Никодим, оставивший заметный след в ее истории и в истории духовного и культурного развития Енисейской губернии в целом.
К 1917 г. в епархии было 639 храмов, молитвенных домов и часовен (в том числе 293 приходские церкви), 315 приходов, семь монастырей и несколько общежительных скитов, епархиальные образовательные, миссионерские, благотворительные учреждения, в том числе не менее 207 церковно-приходских школ, православных обществ, братств и т. д. В состав клира входили 311 священников, 39 диаконов и 310 псаломщиков.
К лету 1918 г. было закрыто большинство епархиальных учреждений и хозяйственных предприятий. Церковные и монастырские земли конфисковывались и передавались в государственный фонд. Массовый голод послужил поводом для масштабной кампании по изъятию церковных ценностей, прошедшей в храмах епархии весной. С осени 1922 г. нарушилось регулярное управление епархией, большая часть сменявших друг друга архиереев управляли епархией временно или короткий срок. К началу Великой Отечественной войны были закрыты практически все храмы на территории Красноярского края.
В годы Отечественной войны первым из красноярских храмов открылся храм Свт. Николая Мирликийского на Николаевском кладбище в Красноярске — здесь состоялись первые архиерейские служения святителя Луки (В. Ф. Войно-Ясенецкого), назначенного на Красноярскую кафедру в декабре 1942 г. и занимавшего ее до января 1944 г.
В конце 1940-х гг. приходы края были фактически включены на правах благочиния в состав Новосибирско-Барнаульской епархии.
К 1988 г. на территории Красноярского края насчитывалось 11 действующих приходов и два — на территории Хакасии. Возрождение Красноярской епархии началось с ее воссоздания определением Поместного собора 20 июля 1990 г. Первоначально в обновленную Красноярскую епархию входили приходы Кемеровской и Хакасской автономной областей.
В 1990—2010 гг. на берегах Енисея было восстановлено и построено 278 храмовых зданий, три мужских и три женских монастыря, созданы епархиальные учреждения и православные общественные организации, несколько православных гимназий и прогимназий, духовные хоры, епархиальная пресс-служба, начато осуществление церковно-общественных, социальных и издательских проектов.
Решением Священного синода от 30 мая 2011 г. из состава Красноярской епархии была выделена Енисейская епархия. Правящему архиерею Красноярской епархии Синод постановил иметь титул Красноярского и Ачинского. 6 октября 2011 г. Красноярская и Енисейская епархии были включены в состав новообразованной Красноярской митрополии. 28 декабря 2011 г. из Красноярской епархии была выделена Канская с включением ее в состав Красноярской митрополии.
