В стране полным ходом шла перестройка, на самом высоком уровне был провозглашен курс на гласность и демократизацию. Для многих, кто раньше считал КГБ государственным щитом, и тем более для тех, кто раньше произносил эту аббревиатуру опасливым шепотом, название организации стало почти ругательным словом. Страна стояла на перепутье, и было непонятно, куда идти дальше. Уже потом, когда личные заслуги Сафонова перед Красноярским краем не вызывали ни у кого сомнений, у нового почетного гражданина спросили в интервью, как он чувствовал себя на руководящем посту в то время. Наш герой отшутился:
— Чувствовал себя хорошо, с учетом того, что мне тогда было 43 года.
При этом признал — было невероятно тяжело. А порой, когда приходилось смотреть на неприглядные страницы прошлого той организации, где работаешь, и просто больно.
В конце 1980-х годов КГБ инициировал пересмотр дел тех граждан, которые были осуждены в эпоху большого террора во внесудебном порядке. Сроки реабилитации жертв 1937 года, репрессированных решениями «двоек», «троек» и трибуналов, а в одном только Красноярском крае их оказалось несколько десятков тысяч, были поставлены предельные — около полутора лет.
— Вся эта работа легла на каждого сотрудника управления, весь оперативный состав помимо своей основной работы этим занимался. Нужно было вчитаться в материалы, увидеть за каждым делом судьбу конкретного человека. Для каждого сотрудника этот взгляд в неприглядное прошлое стал уроком — нравственным, человеческим и юридическим. Пропускать через себя столько человеческих трагедий было горько, но это была очистительная горечь. Мы увидели, как все связано: трагедии, чей-то подвиг, чья-то низость. Историй множество. Например, жена в благих, воспитательных целях, чтобы муж не ходил налево, написала письмо в... НКВД — повоспитывайте мужа. А через две страницы — приговор приведен в исполнение. Вот и воспитали. Знаю, что эта женщина еще недавно была жива, ее дети не знали, что их мать подтолкнула отца к жерновам репрессий. Дети писали нам, спрашивая: «Кто сдал отца?» Рассказывали, что мать их, двоих, воспитала одна, что она святой человек, плачет до сих пор, убиваясь по мужу. Можно ли рассказать им правду? Мы недавно вспоминали те годы, и коллеги оценивают случившееся в том числе и с точки зрения личной сопричастности.
В то же время в стране стали проходить и первые забастовки рабочих. Люди требовали увеличения заработной платы, улучшения снабжения, которое в период тотального дефицита было неважным, улучшения условий труда. Красноярский край не стал исключением. Сафонов вспоминает забастовку, произошедшую в Талнахе, — там бастовали шахтеры. Анатолий Ефимович вместе с тогдашним первым секретарем крайкома КПСС Олегом Семеновичем Шениным тут же вылетел на Север, чтобы вести переговоры с бастующими. Сейчас это вспоминают как наиболее показательный пример мужества руководителей — у обоих хватило духу вдвоем, без всякой охраны, спуститься на глубину 900 метров для открытого диалога с шахтерами. Переговоры продолжались ночь напролет, а наутро все поднялись на поверхность.
Шло время, общество менялось. Забастовки, митинги стали политической реальностью. Некоторые из них проходили у дверей краевого управления КГБ, однажды участники пикета даже разбили в КГБ окно — еще несколько лет назад подобное в СССР казалось совершенно немыслимым. Сложная ситуация складывалась и внутри коллектива. Появлялись новые партии, вчерашние диссиденты становились депутатами, с управлением КГБ начали вступать в диалог те, кто раньше считался антисоветчиком и был в зоне пристального внимания пятого отдела.
Анатолия Ефимовича знают как человека открытого ровно в той мере, насколько может быть открытым сотрудник подобного ведомства. Именно эта открытость в те годы была нужна как никогда — ему приходилось встречаться с каждым из полемистов, вступать в дискуссию, выстраивать новый диалог, уже на демократической платформе. В немалой степени дар Сафонова слушать и слышать способствовал стабилизации политической обстановки в регионе. Уже к 1992 г. были налажены нормальные взаимоотношения и с новыми партиями, и с краевой властью. Естественно, наибольшей остроты ситуация достигла к августу 1991 г. Сафонов, который в 1991—1992 гг. находился на посту начальника АФБ РСФСР по Красноярскому краю, а с января по март 1992 года — начальника УМБ России по Красноярскому краю, вспоминает:
— Пожалуй, это было самое тяжелое время для органов безопасности. Каждый день поступали противоречивые сведения из Москвы. Мы тогда избрали единственно верное решение — по три раза в день собирали весь состав и доводили до их сведения информацию. Мы искали свое место в постоянно меняющейся системе и исходили только из одного — из главенства закона. Начался период нестабильности, из контрразведки стали выходить люди. В эти годы основная российская спецслужба лишилась очень большого количества кадров. Люди не выдерживали и бежали из правоохранительных органов, кто-то менял убеждения, были и такие, что становились по другую сторону баррикад. Отток кадров был характерен для всей страны. И красноярское управление на общем фоне смотрелось более достойно.