В 2001 г. созданный Аннинским музей стал филиалом муниципального учреждения культуры «Музейно-выставочный центр города Железногорска», а Евгений Сергеевич был приглашен в штат старшим научным сотрудником. В честь заслуг Е. С. Аннинского, 40 лет посвятившего созданию и деятельности музея, он был назван его именем.
Музей археологии им. Е. С. Аннинского насчитывает более 3 тыс. экспонатов. Уникальная коллекция эстампажей с южносибирских петроглифов, собранная археологическими экспедициями школьников Подгорного во главе с Е. С. Аннинским, выполнена на микалентной бумаге методом, разработанным заслуженным художником РФ В. Ф. Капелько. В составе коллекции — копии со всемирно известных памятников истории Южной Сибири (Хакасии и Тувы), к которым относится Шаманский камень из горного массива Оглахты. Петроглифические изображения данных археологических комплексов отражают несколько протяженных исторических эпох — от неолита, бронзового и железного веков, периода Хакасской государственности вплоть до нового времени.
В 2002 г. Евгений Сергеевич был признан лучшим музейным работником года в Красноярском крае и удостоен премии «Вдохновение». В том же году на «Аллее звезд» Железногорска была открыта звезда его имени.
В 2003 г. Аннинский был удостоен звания «Заслуженный педагог Красноярского края».
В феврале 2005 г. в Законодательном собрании края открылась выставка петроглифов из коллекции археологического музея Подгорного, а в Новосибирске вышла книга «Древнее искусство: знаки, образы и время», подготовленная Е. С. Аннинским в соавторстве с В. Е. Ларичевым.
Грант губернатора Красноярского края на осуществление проекта «Писаницы Красноярья» позволил в 2007 г. создать при Музее археологии поселка Подгорного лабораторию «Юный археолог». Филиал МВЦ стал работать как музейно-образовательный центр краевого значения. Передвижная выставка «Писаницы Красноярья» экспонировалась в Ачинске, Зеленогорске, Минусинске, Лесосибирске, Красноярске, Дивногорске, Сосновоборске и селе Казачинском. Евгений Сергеевич неоднократно лично выезжал вместе с выставкой, проводил на местах экскурсии, лекции, круглые столы для педагогов, учащихся и студентов Красноярского края.
В 2009 г. Е. С. Аннинский начал собирать материалы для новой книги, но 29 декабря 2009 г. на 78-м году жизни скончался.