С 1 января 1915 г. произошло разделение Сибирской магистрали на Омскую, Томскую, Забайкальскую, Амурскую, Уссурийскую железные дороги. 3 октября 1921 г. вышло постановление Сибревкома, в соответствии с которым в Омске было создано управление Сибирского округа путей сообщения. Сибирский округ простирался от Челябинска до Иркутска и был разделен на восемь линейных отделов с центрами в Тюмени, Челябинске, Омске, Новосибирске, Барнауле, Томске, Красноярске и Иркутске.
В 1924 г. территория Красноярской железной дороги вновь была включена в состав Томской железной дороги. В 1925 г. открылась новая железнодорожная линия Ачинск — Абакан, строительство которой было начато еще в 1914 г.
В 1934 г. из Томской и Забайкальской железных дорог была выделена Восточно-Сибирская, а в 1936 г. она разделилась на Восточно-Сибирскую и Красноярскую.
Приостановленное в военные годы строительство железной дороги возобновилось: в 1959 г. сданы в эксплуатацию линии Аскиз — Абаза, Междуреченск — Абакан; в 1965 г. сдан участок Абакан — Тайшет, в 1967 г. Ачинск — Лесосибирск; в 1968 г. Красная Сопка — Кия-Шалтырь; в 1969 г. Енисей — Дивногорск; в 1975 г. Решоты — Новобирюсинская; в 1977 г. Новобирюсинская — Карабула.
Красноярская дорога вновь включена в состав Восточно-Сибирской железной дороги в 1961 г., а затем вновь выделена в 1979 г.
В 1999 г. Красноярской железной дороге исполнилось 100 лет.
Сегодня масштабы Красноярской железной дороги и ее значимость для Красноярского края придают магистрали статус одного из важнейших участников социально-экономической жизни территории. В 2012 г. эксплуатационная длина пути Красноярской железной дороги составила 3 157,9 км, численность сотрудников — 35 645 человек, количество перевезенных грузов — 73,9 млн т. Ежегодный объем пассажиров в дальнем сообщении составляет более 2 млн человек, в пригородном сообщении — более 6,5 млн человек.
Более 80 % всей производимой на территории региона продукции и сырья перевозится по железной дороге.