Под руководством В. А. Игнатченко проводился ряд комплексных экспериментально-теоретических исследований. Им были предсказаны и исследованы новые эффекты в области ядерного магнитного резонанса в ферромагнетиках. Его работы внесли вклад в развитие теории упорядочения дипольных систем, явились теоретической основой для развития новых экспериментальных методов исследования корреляционных радиусов и среднеквадратичных флуктуаций неоднородностей различных параметров аморфных магнитных сплавов. В последние годы под руководством В. А. Игнатченко развивается теория взаимодействия волновых полей в неоднородных средах и частично стохастизованных сверхрешетках. Им было предсказано явление индуцированного беспорядком кроссинг-резонанса, предложен приоритетный метод исследования неоднородных мультислойных структур, основанный на обобщении теории случайной частотной модуляции радиосигнала на случай одно-, двух- и трехмерных случайных неоднородностей периода сверхрешетки.
Вальтер Алексеевич проводил большую научно-организационную работу. Он принимал активное участие в формировании ряда научных направлений Института физики. В первые годы его работы ему было поручено развитие в институте сверхвысокочастотных методов исследования новых в то время материалов — тонких магнитных пленок. Им и сотрудниками его группы были созданы экспериментальные установки и проведены первые в СССР исследования ферромагнитного и спин-волнового резонансов в этих материалах. Впоследствии эта тематика развивалась учениками В. А. Игнатченко и до настоящего времени является одной из ведущих в отделе физики магнитных явлений института.
Наибольшей организационной заслугой В. А. Игнатченко является создание в институте физики теоретического отдела. В те же первые годы его работы, руководя экспериментальной группой, В. А. Игнатченко по собственной инициативе начал проводить теоретический семинар, на котором молодые сотрудники различных лабораторий института, имеющие склонность к теоретическим исследованиям, обсуждали свои первые работы. Вскоре эта группа получила официальный статус, а в 1963 г., после защиты В. А. Игнатченко кандидатской диссертации, на основе этой группы в Институте физики был открыт теоретический отдел во главе с В. А. Игнатченко.
В последующие 40 лет, в течение которых Вальтер Алексеевич занимал должность руководителя теоретического отдела и лаборатории теоретической физики, тематика теоретических исследований значительно расширялась и углублялась. В 1971 г. по инициативе В. А. Игнатченко в Институт физики из Института ядерной физики СО АН (Новосибирск) был приглашен его сокурсник по Одесскому университету, кандидат физико-математических наук Г. М. Заславский. После защиты Г. М. Заславским докторской диссертации под его руководством в теоретическом отделе в 1973 г. была открыта лаборатория теории нелинейных процессов. В 1980 г. в отделе была открыта еще одна лаборатория — теории твердого тела, которую возглавил ученик В. А. Игнатченко — доктор физико-математических наук Е. В. Кузьмин. В настоящее время теоретические исследования по обоим этим направлениям проводятся уже под руководством их учеников и продолжателей.
Все эти годы В. А. Игнатченко также принимал участие в координации исследований в области физики магнитных явлений. Он является членом совета по проблеме «Магнетизм» Академии наук СССР и России, возглавлял секцию «Аморфные магнетики» этого совета и организовал несколько всесоюзных симпозиумов по аморфным магнетикам в различных городах Советского Союза. В течение ряда лет он избирался в состав международного оргкомитета по проблеме «Тонкие магнитные пленки», являлся руководителем семинара отдела физики магнитных явлений Института физики и возглавлял секцию ученого совета Института физики по этой проблеме. Игнатченко является соруководителем физического семинара Института физики, на котором обсуждаются наиболее существенные достижения по всем проблемам, разрабатываемым в институте: магнетизму, оптике, радиофизике и кристаллофизике. Он также входит в состав ученого совета института и двух диссертационных советов, являясь заместителем председателя одного из них.