Изначально самой обширной областью применения селена была стекольная и керамическая промышленность. Селен добавляют в стеклянную массу, чтобы обесцветить стекло и устранить зеленоватый оттенок, вызванный примесью соединений железа. Соединение селена с кадмием является основным красителем при получении рубинового стекла, это же вещество используется для придания красного цвета керамике и эмалям. Также в небольших количествах селен используют как наполнитель в резиновой промышленности и для получения сплавов мелкозернистой структуры в сталелитейной.
Однако с 1950-х гг. и до настоящего времени главным потребителем селена является производство полупроводниковой техники, чем обусловлен постоянный рост спроса, цены и дефицита этого неметалла. В современной технологии полупроводников селен и его многочисленные соединения особо ценятся за свои фотоэлектрические и термоэлектрические свойства.
Еще одной важной сферой применения селена является медицина, в которой элемент используется для лечения и профилактики широкого спектра заболеваний и патологий. Селен используется как мощное противораковое средство, он оказывает антидистрофический эффект и противоаллергическое действие, улучшает функцию половых желез, иммунной системы, сердца и стимулирует пролиферацию тканей. Соли селена способствуют восстановлению пониженного артериального давления при шоке и коллапсе. Также селен в комплексе с йодом применяется для лечения йододефицитных заболеваний и патологий щитовидной железы.