Идея выращивания плодовых растений в стелющейся форме возникла у Bсеволода Mихайловича Крутовского в 1889 г., когда он занимался изучением биологии в лаборатории профессора Пуше в Париже. Будучи коренным сибиряком, Крутовский заинтересовался проблемой плодоводства в Сибири. «Во время моей краткосрочной поездки в Сибирь в 1894 г. я арендовал близ Красноярска (на правом берегу Енисея) участок в 2 га и сделал посадку плодовых деревьев. Эта попытка хотя и кончилась неудачей, все же побудила меня еще три раза приехать из Англии в Сибирь и возобновить свои опыты», — вспоминал позднее ученый.
Начало создания сада приходится на 1900—1904 гг. «Еще в 1900 г. через моего брата я приобрел участок земли на Лалетиной, по моим указаниям он был разбит под опытный плодовый сад. По возвращении из-за границы в 1904 г. я сам руководил постановкой в нем опытов по моей идее стелющегося сада из российских и европейских сортов», — рассказывал Крутовский.
В 1906 г. Крутовский выстроил жилой дом на территории сада, однако судьба Всеволода Михайловича сложилась иначе — он был отправлен в ссылку. Проживая в Киренске, а затем — в Томске, он тем не менее постоянно руководил работой в саду, давая письменные указания, а с 1915 г. уже принимал непосредственное участие в проведении ботанических опытов.
Крутовский выписывал семена, сеянцы и саженцы разных сортов и видов плодово-ягодных культур у садоводов России и зарубежья. Он занимался опытами по выращиванию яблони в арктической форме. В 1920 г. Крутовский передал сад в хозяйство областной зональной опытной станции и сам работал там научным сотрудником, руководил ее помологическим отделом и заведовал Лалетинским филиалом станции, расположенным на территории сада.
В 1927 г. Крутовский опубликовал книгу «Как крестьянину Средней Сибири устроить плодовый сад». По содержанию она охватывала общие вопросы разведения плодовых растений, выбора сортов, размножения их прививками, ухода и борьбы с вредителями сада.
В 1928 г. Вс. М. Крутовский предложил выращивать разные сорта яблони и других видов плодовых растений в стелющейся форме, считая, что низкие температуры сами по себе не убивают покоящейся живой ткани многолетних растений. Губительным для них является резкое колебание температур.
Позже на базе объектов, созданных под руководством Bс. M. Крутовского, была организована Красноярская опытная станция плодоводства. Это было первое опытное учреждение Сибири и Урала. Здесь развернулась большая работа по сортоизучению, селекции и агротехнике. С 1988 г. сад был передан Сибирскому технологическому институту (ныне СибГТУ), студенты, педагоги вуза и сотрудники станции разработали план реконструкции сада, определили сортовую принадлежность каждого дерева, была восстановлена стелющаяся форма яблонь. Началась планомерная селекционная работа по выведению новых сортов методами отбора, гибридизации, по размножению сортов, оставшихся в единичных экземплярах, ведутся агротехнические уходы. Здесь проходят учебную и производственную практику студенты СибГТУ.
В 1996 г. саду был придан статус Ботанического сада имени Вс. М. Крутовского.