В переводе с тюркского «боготол» означает «малая долина», а с кетского «боготу» означает название родовой группы кетов, а «ул» — «река», то есть «поселение у реки».
Город Боготол возник как поселок при железнодорожной станции. Однако село с одноименным названием было известно еще в XVIII в. В некоторых источниках указывается, что село называлось Старый Боготол. Крупнейший исследователь Сибири XVIII в. Петр Симон Паллас, проезжая летом 1771 г. по тракту мимо села Боготол, отметил, что «в Боготоле будет выстроена винокурня, которая будет полезна для крестьян красноярских, поелику они будут иметь куда продавать богатые свои жатвы, кои они по нужде принуждены за предешевую отдавать цену».
А. Н. Радищев в своих «Записках путешествия в Сибирь» от 12 сентября 1790 г. упоминает: «Боготольское село на Чулыме, которого берег один плоский, а другой гористый…»
Строительство Сибирской железнодорожной магистрали в 90-х гг. XIX в. изменило экономическое значение Боготола. В 1893 г. в восьми километрах от села проложили рельсы магистрали, началось сооружение вокзала, паровозного депо и водонапорной башни, других построек, поэтому этот год и стал годом основания города Боготола. Своим статусом город Боготол обязан председателю Совета министров Российской империи Петру Аркадьевичу Столыпину, который побывал здесь в 1910 г. По его рекомендации 27 января 1911 г. царским указом станционный поселок был преобразован в заштатный город Боготол Томской губернии Мариинского уезда. Была избрана Городская дума, а первым головой стал отставной зауряд-прапорщик Никодим Антонович Трегубович.
В начале XX в. и в годы первой русской революции 1905—1907 гг. город Боготол стал важным пунктом революционного движения. С 1902 г. на станции Боготол действовали две социал-демократические группы, а в 1904 г. возникла местная организация РСДРП. В октябре 1905 г. рабочие паровозного депо приняли активное участие в забастовке, которая продолжалась неделю. В 1905 и 1906 гг. в Боготоле дважды побывал С. М. Киров. Боготольская организация РСДРП, возглавляемая В. А. Кузнецовым, еще до свершения Великой Октябрьской социалистической революции, в августе 1917 г., взяла власть в свои руки.
В годы Гражданской войны рабочие Боготола и население района приняли активное участие в вооруженной борьбе с колчаковцами. В 1918 г., после начала белочешского мятежа, в Боготоле из рабочих-добровольцев был сформирован отряд красной гвардии особого назначения, отправившийся на борьбу с белочехами на Мариинский фронт. А на территории района было создано и действовало несколько партизанских отрядов, которые поддерживали связь с партизанской армией Щетинкина.
С установлением советской власти в 1921 г. из состава Мариинского уезда был выделен Боготольский уезд, в состав которого вошли 10 волостей. В 1925 г. образовался Боготольский район, и город Боготол стал районным центром.
В годы Великой Отечественной войны тысячи боготольцев ушли на фронт и сражались с немецко-фашистскими захватчиками, многие из них были удостоены правительственных наград. Уроженцам Боготола Николаю Павловичу Шикунову, Вениамину Яковлевичу Горбачеву присвоено звание Героя Советского Союза.
После войны и вплоть до 1980-х гг. продолжалась активная застройка города, начал работу вагоноремонтный завод и было запущено производство слесарно-монтажного инструмента.
Династиям железнодорожников — кавалеров орденов В. И. Ленина Петра Лаврентьевича Федоренко и Геннадия Степановича Ганюшкина — насчитывается более 300 лет. Прославили город Боготол обладатели звания Героя Социалистического Труда железнодорожники Дмитрий Филиппович Абакумов и Алексей Васильевич Акимов. На Боготольской земле выросли: академик ВАСХНИЛ, Герой Социалистического Труда Михаил Афанасьевич Лисовенко, доктор физико-математических наук, заслуженный деятель Российской Федерации Анатолий Степанович Поплавной, заслуженный врач РСФСР Клавдия Прокопьевна Скворцова, заслуженные учителя РСФСР Валентина Харитоновна Ковалева и Галина Константиновна Мыльникова, заслуженный мастер профтехобразования Владимир Иванович Зыкин, актер, режиссер, заслуженный деятель искусств, заслуженный артист России Виктор Иванович Трегубович.
